מותר לאכול משחיטתם, והודות לכך יכלו להתקשר עם קצבים ערבים בדבר מכירת בשר הטריפות להם ולקיים שחיטה אשכנזית עצמאית.
יסד בחצר ה"חורבה" תלמוד תורה וטיפחו וגידלו עד שהיה לישיבה גדולה, היא ישיבת "עץ חיים", שבמשך כמה שנים היה מרצה בה שיעורים ללומדים הגדולים, ותמיד היה מפקח על מצבה ופעולתה בחומר וברוח. כן פעל למען יסודו וביסוסו של בית-החולים "ביקור חולים".
עם ריבוי העליה מארצות שונות והתפלגות הישוב לכוללים שונים יזם את קצירת הועד הכללי ''כנסת ישראל", שאיחד בהנהגה עליונה את כל הכוללים ושימש נציגות ראשית של יהודי ירושלים האשכנזים כלפי פנים וכלפי חוץ. בפעולתו זו נעזר בהרבה עלידי ר' יוסף ריבלין (העסקן, הסופר, בונה השכונות), שהיה הרוח החיה והמנהל-בפועל של הועד הכללי ביסודו ובהנהגתו.
הוא עודד את מרהיבי הישוב מחוץ לחומה, הכניס את בנו יחידו ר' בינוש לרשימת שבעת המיסדים והבונים של נחלת שבעה, עזר בעידוד ובעצה ובתור נאמן על הכספים בבנין השכונות מאה שערים, אבן ישראל ועוד, והדריך בעצה את מונטיפיורי בכל מפעליו הישוביים בירושלים ובשאר המקומות בארץ. כלפי הישוב החדש וחידושיו (בתי-ספר, תנועה ציונית וכו') לא היה קנאי כמו רבנים אחרים, כי שיטתו היתה "לקרב ולא לרחק", ולכן אם אמנם הצטרף לפעמים לפרסום "איסורים" שונים, אך נזהר מחרמות ודברי שצף-קצף נגד יהודים. בהשתדלותו בוטל החרם שהכריזו קנאים על בית-מדרשו של הרי"מ פינס .
ברוב ענוותנותו הצטמצם בתואר "מורה הוראה" וכשעלה בתר"כ הרב הגאון ר' מאיר אוירבאך מקאליש (בעל "אמרי בינה") הטיל עליו את התואר "רבה של ירושלים" ועל עצמו נטל את עול העבודה המעשית שבהנהגה. רק אחרי פטירת הרב הנ"ל בתרל"א נעתר להפצרות ראשי העדה האשכנזית לקבל עליו את התואר ולעשות לו חותמת רשמית, בהיות הדבר נחוץ לטובת העדה ומוסדות החסד שבה. הנהגת העדה האשכנזית בירושלים, שהיו בה גדולי תורה בעלי מרץ ויזמה בכיוונים שונים ולפעמים אף מנוגדים, כוללים וסיעות שונים, ולפעמים אף פרצו סכסוכים ביניהם, מוסדות מתחרים ומתדיינים על תמיכות והקדשות ועזבונות כל אלה עשו את ההנהגה של עדה זו קשה יותר מהנהגת מדינה, ור' שמואל נשא את העול הזה על שכמו קרוב ל-70 שנה בחכמה, באמונה ובמסירות, ובחייו הפרטיים הסתפק במועט שבמועט. 52 שנה ישב בדירה צדה וקטנה, שאליה נכנס ביום בואו ירושלימה, ובה קבל פני אורחים חשובים ורמי מעלה יהודים ונכרים, שבאו לבקר את רבה של ירושלים. דק בקושי המכים לעבור לדירה חדשה, שנדיב אחד בנה במיוחד בשבילו.
שיעוריו בש"ס ופוסקים הצטיינו ברוחב ובעומק ובקליעה אל האמת בדרך הפשטות, דרכו של הגר"א.
פרסם חידושי תורה בקובץ "תורת ציון" (הקובץ התורני הראשון בארץ), בספר "התבונה" של ר' ישראל סלנטר, ועוד, והשאיר אחריו כתבים רבים בחידושי תורה בכל המקצועות.
במלאות לו 70 שנה תרם בצנעה 70 נפוליונים ל"קמחא דפסחא", ובמלאת לו 80 שנה תרם 80. נפוליונים למטרה זו. במלאות לו 90 שנה, בתרס"ו, יסדו ראשי העדה לכבודו את "אוצר החסד קרן שמואל" לגמילות חסדים ולהלואות לבנין בתים כירושלים. בעזרת "אוצר" זה נבנתה בתרפ"ט השכונה. "קרית שמואל". ושני אלה - האוצר והשכונה וגם רחוב בירושלים שומרים את זכר שמו עד היום.
בשנותיו האחרונות ניטל מאור עיניו, והיה מרצה לתלמידיו שיעורי תורה בעל-פה וזכר כל דבר מלה במלה ואף מקומו באיזה דף ובאיזה גובה בדף שבספר.
נפטר בירושלים, כ"ט אב תרס"ט, ולפני מותו צוה לא להספידו ולא לחרות שום תוארי כבוד על מצבתו, שהוקמה מעמוד האבן שהיה מונח בחצר החורבה והיה נקרא בשם "אבן הדואגים" ו"אבן ר' שמואל", שעליו היה יושבים זקני ירושלים בין מנחה למעריב.
הרב מרדכי דוב בער (דובער) סלונים
נולד ברוסיה, בשנת ת"ר (1840), לאביו הרב יעקב (כולי) סלונים , שהיה מפורסם בתורה ובחסידות, ולאמו הרבנית מנוחה רחל בת "האדמור האמצעי" מליובאוויטש ונכדת רבי שניאור זלמן בעל ה"תניא''.
בהיותו כבן ארבע, בשנת תר"ד (1844) עלה ארצה עם הוריו והתישבו בחברון, בה היה אז הישוב המרכזי של חסידי חב"ד בארץ. למד בביתהמדרש של כולל חב"ד והגיע לדרגה גבוהה בתורה ובחסידות, הן בידיעות והן במדות ובהתנהגות בעבודת הבורא וביחסים שבין אדם לחברו. היה נודע כאיש חביב על הבריות ואוהב את הבריות. תמים דרך, בעל מדות תרומיות.