להציג אותם כמפירי חוק היהדות וכאברים מדולדלים ותלושים מגוף האומה. לפיכך מיררו את חייו כבר מהתחלה. בשבת הראשונה איכסנו אותו אצל עגלון, בבית הכנסת קבעו לו מקום בין פשוטי העם ולא נתנוהו לגשת לקירבת ארון הקודש, למקום המיועד בשביל הרב, ואת דירתו קבעו ממעל למרחץ, באויר מזיק לבריאות. את הפגיעות הללו בלע בשתיקה, כי המלחמה על אינטרסים של עצמו נחשבה בעיניו כלמטה מכבודו, אבל בהגנה על עניני היהדות התיצב בתוקף נגד השליטים שבפקידות - והסוף היה, שבמלאות השנה עזב את המקום ועלה לדור בירושלים.
בשש שנות ישיבתו בירושלים (1897-1891) חיבר והוציא ספרי לימוד וקריאה לילדים ברוח דתית-לאומית, והם: דברי הימים לעם ישראל (תרנ"ב), דברי ימי העמים ברוח בני ישראל, ארבעה חלקים (תרנ''ג-תרנ"ד), המוריה (תרנ"ד), טל ילדות (תרנ"ד). כן ערך והוציא כתב-עת לספרות ולמדעי היהדות ולפובליציסטיקה, בו השתדל להשפיע על בנין הישוב החדש, שיתנהל ברוח המסורת הדתית, ושלא יגרר אחרי הצרפתיות של פקידי הבארון ואחרי פריקת עול הדת בהשכלה העברית החדשה. האמצעים והחומר לא הספיקו להוצאת ירחון או רבעון בזמנים קבועים ובגלל העדר רשיון ממשלתי להוצאת כתב-עת, החליף מפעם לפעם את שמות הקבצים: "הארץ", "פרי הארץ", ''גאון הארץ", "ירושלים", "מירושלים", "מציון" ועוד. הקבצים זכו להכרה כללית בשל יפי הלשון וערכי המדע בלשון, בספרות העתיקה ובהיסטוריה, אבל הכיוון של אדיקות דתית לא התאים לטעמו הכללי של הישוב החדש, ואילו הישוב הישן לא מצא ענין רב ביצירותיו. בתור לאומי נלהב דיברו גם הוא וביתו עברית, אבל גם בזה לא השתלב בזרם הבלתידתי שבישוב, ובו בזמן שהחברה הקרויה "ספרדית" פשטה בקרב דוברי עברית בישוב, שמר הוא אמונים להברה האשכנזית. יותר מבעבודתו הפובליציסטית בכיוון המיוחד שלו הצליח בסיפורי-האגדה הנפלאים, שהצטיינו בסגנון ובחן של עתיקות טבעית ויצאו בקבצים קטנים בשמות "נגינות מני קדם" "שמועות מני קדם" ו"שיחות מני קדם", שקטעים מהם נתקבלו לחומרקריאה חינוכי בבתי-הספר הדתיים, ואף הכללים, ובחדרים מתוקנים בארץ ובתפוצות ורבבות ילדים ספגו מהם יחס חיובי לקדשי האומה, לעברה ולעתידותיה.
חוסר-התיאום בתפיסת-עולם בינו ובין הישוב החדש מנע ממנו את האפשרות להתערות בו, ובשנת 1897 הכריחו הנסיבות, לצערו הרב, לחזור אל הגולה. קרוב לעשר שנים ישב בווילנא והתמסר להמשכת ספרו הגדול תולדות ישראל, שהחל בחיבורו עוד בשנת 1871 וכתיבת חלקו הראשון נמשכה 25 שנה, עד שהופיע ב-1895, ומאז ועד יומו האחרון עסק 30 שנה בחיבורו זה והצליח להוציא ממנו 9 כרכים בחייו. באותו זמן נכנס בכל חום לבו לעבודה לאומית-ציונית, השתתף עם הרב יצחק יעקב ריינס מלידא ביסוד הסתדרות המזרחי, נחשב לאידיאולוג שלה ובמשך שנתים (1904-1903) ערך את ירחונה "המזרחי", בו המשיך לפרסם ממחקריו בלשון, שחידש בה הרבה והוסיף לגמישותה בשימוש יום-יומי ורעיוני, ומאמרים פוליטיים. יחד עם המזרחי תמך בהצעת-אוגאנדה של הרצל, אבל בתנאי שההתישבות שם תהיה רק "מלון לילה" בדרך הביתה, לציון. בועידת פרסבורג של המזרחי יצא בחריפות נגד הספרות העברית החדישה, המטיפה - לדבריו - ל"מינות", לבקורת המקרא ול"פריצות".
אחרי אותה ועידה עזב את הפוליטיקה והשתקע כולו בחיבור ספרו ההיסטורי הגדול, בו תרם הרבה לחשיפת עובדות נעלמות, שמצא עליהן ידיעות תוך בקיאות מרובה ועיון מעמיק במקורות, ובדברים רבים אישרו גילויים ארכיאולוגיים וחקירותיהם את הידיעות שהוא עמד עליהן מתוך תחושה היסטורית. מתוך דביקות במסורת קיבל אגדות רבות שבספרות חז"ל בתור מקורות היסטוריוגרפיים מאומתים, וכך הקים בנין היסטורידתי הרמוני מושלם, שאם גם מבחינת האמת המדעית נשאר בו מקום לפקפוקים, אבל מבחינה חינוכית דתיתלאומית היתה תועלתו מרובה.
בזמן המהפכה הרוסית הראשונה (תרס"ה) עבר לברלין ונתקבל בכבוד רב אצל חכמי ישראל האורתודוכסיים. שם פרסם בשנת תר"ע חוברת בשם "מקור הברכות והתפלות". לרגל מחלת אשתו עבר לעיירה סודן שליד פרנקפורט ענ"מ, ואחרי פטירתה בשנת תרע"ב עבר אל בנו לאנטוורפן והמשיך לעבוד בספרו הגדול. עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה עבר אל בתו ללונדון ומשם עבר ללידס וישב בה שנתים. שם סיים את ספר היסטוריה שלו והוציא גם סידור בשם "עבודת הלבבות" (תרפ"ב) עם פירוש מתאים וציון המקורות. שבועות מספר לפני פטירתו עוד פרסם ב"העולם" שיצא אז בברלין, מאמר נגד בקורת המקרא.
נפטר ונקבר בלונדון, י"ח שבט תרפ"ד (24.1.1924).
אחרי פטירתו הופיע ספרו "תולדות היהודים" בהוצאת "אחיעבר" בארץ-ישראל (9 כרכים במהדורה שניה ו-5 הנוספים בפעם הראשונה בעריכת ד"ר ב. מ. לוין). במלאות עשר שנים לפטירתו הוציאה הוצאת "אחיעבר" קובץ קטן לזכרו בשם "ספר יעב"ץ", ובשנת תש"ג הוציא מוסד הרב קוק מבחר מאמריו וסיפוריו בשם "לקט כתבים" בעריכת ב. קלאר. צאציו: יהודה ליב (רופא, בפריס) ; זני (שיינה) אשת לזר אקמן, רחל אשת מקס ברמן, יצחק ז"ל (היה סוחר בלונדון).
יעקב אריה ידידיה
נולד בלבוב (פולין) בשנת תרנ''ב (11.9.1892).
לאביו שלמה ידידיה ולאמו מלכה. קיבל חינוך מסורתי ואקדימאי.
היה חבר הועד הפועל של "צעירי ציון", הועד הפועל של ההתאחדות, חבר בחוג הנוער "השחר", באגודת האקדמאים "העתיד".
היה חבר מערכת "מוריה", נווי דזיניק וחוילה.