מן השלטון אינו מעלה על דעתו להתחיל בעבודות אלה. הכריז וחזר והכריז, כי העבודה המדינית של הציונים נסתיימה ולא נשאר בידם אלא התפקיד הכלכלי. השקפות אלה הראו, שעתיד לקום סכסוך בין בראנדייס וביני וכן גם בין הרוב של ציוני אירופה ובין קבוצה רבת-כוח של ידידינו האמריקנים. --- מר בראנדייס חיווה גם כמה דעות בגנותן של המושבות המעטות שניתן לו לבקר בהן. אלה היו רובן המושבות "הישנות", שהרי חוץ מדגניה, מרחביה, בן-שמן וחולדה לא היה בארץ מה שראוי להקרא בשם התישבות ציונית, וכל המושבות, כישנות כחדשות, עדיין לא נרפאו מפצעי המלחמה..." (מובאות מ"מסה ומעש" לד"ר ווייצמן).
בועידה הציונית העולמית בלונדון, בשנת 1920, הופיע בראש המשלחת של ציוני אמריקה והשמיע את הדרישה למשוך לציונות הון פרטי, יזמה פרטית וכוחות בלתי-ציוניים מקרב היהדות ויחד אתם להקים הנהלה חדשה לשם החשת בנין הארץ, העלאת המספר המכסימאלי של יהודים בא"י ובזמן הקצר ביותר, מתוך אמונה, שהארץ יכולה לקלוט ולפרנס מיליוני יהודים בתעשיה ובחקלאות, תודות לכספם, חריצותם התמחותם וכשרונם. את עבודת-ההווה של התנועה הציונית בארצות הגולה ראה כסטיה מהמטרה הציונית.
מפליא הדבר, שבכנס הועד הפועל של ההסתדרות הציונית בארצות הברית, במארס 1921 אמר: ישראל יוצרת תרבות ומשפיעה תרבות ואינה יכולה להתפתח ולהתקיים ללא בסיס כלכלי בריא.
השתמש עוד אז במלה ישראל ולא במלה שהיתה מקובלת אז: פלשתין או ארץ ישראל. לועידה בלונדון הוגש תקציב גדול, ובו סכום ניכר לצרכי החינוך העברי. הציע למחוק את סעיף החינוך, כי חינוך ילדים זהו דבר פרטי וכל איש חייב לדאוג לכך לעצמו. שאל: אפשר לדבר על חינוך, באין לנו עוד התישבות ? אוסישקין (ראה כרך חמישי) ענה לו, כי ציוני ילך לכל מקום בא"י לשם בנין הארץ, אף למקומות של קדחת וסכנה של התנפלויות מצד בידואים, אבל הוא לא ילך למקום, בו לא ימצא מורה בשביל ילדיו... אוסישקין פונה אליו, באומרו: "לך בראנדייס, לנקודה ישובית של חלוצים ותראה, שהם רעבים ללחם, אבל אם הפרוטה מצוייה בכיסם, הם קונים ספר ועתון !..." על זה ענה לו בראנדייס : "אין זו אלא היפרטרופיה (הפרזה) של שאיפות תרבותיות רוחניות, שיש להלחם בהן. זאת היא מחלה". אוסישקין ענה לו: אמנם, זוהי מחלה, אך מחלה כרונית של עם ישראל, הנמשכת שלושת אלפים שנה, ואת המחלה הזאת לא ירפאו גם רופאי "הדסה"...
אברהם גרנות (גרנובסקי , ראה כרכים א', ד', י"ב) כותב על הופעת בראנדייס בועידה זו, בין היתר בספרו "דור תקומה": "...אלה, ששמעוהו מציינים, כי דיבורו היה מצומצם ומדויק להפליא, כי לא גרס את דרך הוכוחים הנהוגה במחנה הציוני.---היו בו מן הצניעות והענווה של אותם מרבני ישראל הנחבאים אל הכלים ומקימים מצוות תורתם ללא התנשאות והתבלטות".
בועידת לונדון נתגלע קרע עמוק בינו לבין ד"ר ווייצמן. בראנדייס צידד בזכות ההון הפרטי לבנין א"י (בניגוד לווייצמן , שחייב את ההון הלאומי ואת מכשירו קרן-היסוד), התנגד לקרן-היסוד. קרקע אדרבא, יתן העם מכספו לגאולת האדמה, אך פעולת הבנין על הקרקע חייבת להיעשות מכספים אחרים על-ידי מוסדות פינאנסיים, הלוואות מבנקים, אולם לא בצורת תרומות מהעם.
בועידה הכ"ד המפורסמת של ציוני אמריקה בקליבלאנד (1921), בה השתתף ווייצמן, היתה נטושה מלחמה בין שתי דעות הנזכרות לעיל. הרוב הצביע נגד בראנדייס . הוא עם רבים מתומכיו (השופט יוליאן מק, פרופסור פ. פרנקפורטר, ד"ר ס. ווייז, יעקב דה-האז, רוברט סולד ועוד) משכו ידם מן ההנהלה של ההסתדרות הציונית העולמית והאמריקנית, התפטר משירותיו כנשיא-כבוד בתנועה העולמית הציונית, אך נשאר חבר בה, התענין במתרחש בציונות ובמתהווה בא"י ותמך במפעליה, ואף יצר מכשיר למימוש רעיונותיו "החברה הכלכלית הארצישראלית" ובהתהוות משבר מדיני בתנועה, לא מנע את עזרתו.
לאחר הועידה כתב לדה-האז: "כמובן, שבתנאים אלה עלינו להתפטר. מקומנו יהיה עתה כחיילים פשוטים וענווים בין שדרות העובדים למפעלנו. נוכל רק לקוות, כי יום יבוא, והוא לא יאחר לבוא, שכל הציונים יבינו את תכניתנו ויכירו בה".
לעת זקנתו, כשפרש מבית-הדין העליון (1939, והוא אז בן 83), הגביר את עבודתו המעשית לטובת הציונות.
בדרישותיו הציוניות היה מכסמיליסטן ולא השלים עם קריעת עבר-הירדן מא"י, התנגד לכל מיני תכניות, כגון: חלוקת הארץ, מדינה דו-לאומית, קאנטוניזאציה וכו', כי לדעתו א"י יהודית מצומצמת ומוגבלת בלאו-הכי לפי המנדט הבריטי, אינה מסוגלת לפתור בעיית היהודים וחריפותה, ההולכת והגוברת בגולה. אופטימיותו בנצח ישראל ובתקומת מדינת ישראל לא נתערערה אף פעם ולא נזדעזעה גם נוכח הסכנות הגדולות ביותר, שנשקפו לנו אי-פעם.
במלחמת העולם השניה, בהתקרב גייסות היטלר לשערי ארצנו וכאשר חרדה אפפה על העולם היהודי, האמן האמין, גם בשעה הרת-עולם זו, שארצנו תינצל מן הצרה והרעה, וכי זהו הכרח היסטורי לעם היהודי, המשתוקק למולדת משלו, לחירות מדינית, כלכלית ורוחנית.
נפטר י"ד תשרי תש"ב (5.10.1941) בוושינגטון (ארצות הברית).
הוריש חלק גדול מעזבונו ל"הדסה".
בנותיו: סוזאן גילברט: אליזאבט (אלישבע) ראושנבוש. על שמו הוקם הקבוץ "עין השופט" בהרי-אפרים,