בגלל מכאובים קשים שתקפוהו ברגלו הוכרח לפרוש מהעבודה בכלל, ואחרי טיפול במשך חדשים אחדים (ע"י הד"ר הלל יפה בזכרון יעקב, ע"י הרופא האיטלקי בחיפה ואח"כ ע"י הד"ר מ. וולך בבית-החולים "שערי צדק" בירושלים) הוקם שוב על רגליו, אך לא הבריא לחלוטין וכל ימי חייו סבל ממחלת השגרון בפרקי העצמות. בכל זאת חזר לעבודה בעטלית, בבן-שמן בחדרה ואח"כ כפועל חדשי אצל אחד האכרים במלחמיה (מנחמיה) ויצא לו שם טוב כפועל מוכשר ונאמן.
בתר"ע הצטרף לקבוצת דגניה והצטיין בכל עבודות המשק : בחקלאות, נגרות, נפחות, מסגרות ומכונאות. השקיע יזמה רבה בפיתוח המשק ובשכלולו והיה מראשוני היוזמים והמגשימים בתכנית-ההשקאה הגדולה בעמק הירדן ונתפרסם בכל הסביבה בידיעותיו המשקיות. רכש לו ידידים רבים בין ערביי הסביבה, וביחוד בין תושבי צמח, ומזמן לזמן נסע בשליחות הקבוצה לדמשק לקנות בהמות חלב ועבודה.
במלחמת-העולם הראשונה מילא תפקידים מיוחדים בהרבה אומץ ומסירות והקרבה לעזרה ולהצלה. כשכבשו האנגלים את דרום הארץ עד הירקון בקרבת פתח-תקוה נשארו ביהודה שנים מחברי דגניה, מרים כרץ ויעקב ברקוביץ, שנאסרו בידי הטורקים, קיבל על עצמו לנסוע לאזור החזית ולהביאם הביתה. הצטייד בתעודת-מסע ממפקד פלוגת הטייסים הגרמנית שחנתה בדגניה ונסע בחירוף נפש ועלה בידו להגיע אל פתחתקוה, שם מצא את מרים בעין-גנים והביאוה הביתה אך את יעקב לא מצא עוד, כי הוא נאסר והובל יחד עם כמאה יהודים לבית-הכלא בשכם. אך בן-יעקב לא התיאש, וכפי שכתב אז לדגניה : "הנני נכון לתת את נפשי תחתיו", וגם "לא אחזור עד כי אראה את יעקב חפשי", כן עשה. הוא נסע בעקבות יעקב לשכם ומצא דרכים לבוא במגע עם האסירים ולהביא להם עזרה במזון וברפואות ובהלבשה, השפיע על שומריהם שיתיחסו אליהם כהוגן והעביר ידיעות ומכתבים בין האסירים ובין משפחותיהם. כשהועברו האסירים לדמשק נסע גם הוא בעקבותיהם עם אברהם הרצפלד, בלה רוזנפלדוצפורה דרוקר, מצאו דרכים להיות לעזרתם גם שם ואח"כ גם לאסירי הישוב שהורחקו צפונה עד חלב, ואנאטוליה, ובזריזות של איש-מחתרת הצליחו ליצור קשרים עם הצבא והמשטרה ולהעביר דרך החומות העבות של בתי-הכלא סעד ודברי עידוד לאסירים, וכן עלה בידם להבריח כמה מהם חזרה לארץ-ישראל. בשרותו זה המשיך עד שכבשו האנגלים את כל סוריה ועם סיום המלחמה שוחררו כל האסירים וחזרו ארצה, ואז חזר גם הוא לעבודתו במשק בדגניה.
בתר"פ נשא לאשה את יונה בת נחום גרינשפון. בגלל המכאובים שתקפוהו מפעם לפעם בעקב מחלתו הנושנה לא יכול להתמיד בעבודה גופנית במשק, ולכן נאלץ לקבל עליו משימות ותפקידים צבוריים לתועלת הקבוצה והישוב בכללו.
בתקופת מלחמת-העולם הראשונה התארגנו הישובים הכפריים בגליל התחתון בארגון שמשרדו המרכזי בטבריה נקרא "משרד המושבות", ומשרד זה עסק גם בביטוח המקנה. כשנתפרק הארגון ב-1919 התאספו עסקניו ביבנאל וביזמת בן-יעקב יסדו אגודה שיתופית לביטוח המקנה ולשרות וטרינרי בהשתתפות המשקים הקיבוציים והמושבות הפרטיות שבגליל התחתון, נבחר לועד הזמני ביחד עם חיים יפה , מיבנאל ולסגניהם נבחרו אריה פבריקנט מסג'רה ואהרון רוטבלט מכפר תבור. אח"כ נבחר ב-1921 להנהלה הקבועה, ביחד עם חיים יפה, ח. צימרמן, ט. מקלר, י. בצר, י. מנוח, ש. ליבין, א. רוטבלט ואחרים והיה כל ימיו ממנהליה ומפעיליה הראשיים. נסע בשליחויות משקיות בארץ ובחו"ל נשלח לחקירת השווקים למסירת תוצרת המשקים ברחבי אירופה ולקנית פרות גזעיות בהולנד ובגרמניה, ובנסיעותיו אלה היה מבקר במרכזי "החלוץ" ובא בדברים עם העסקנים הציוניים המרכזיים ומביא להם את דבר ארץ-ישראל העובדת והמציאות הארצישראלית האמתית.
בשנת 1936 התמסר ליצירת חברת "אוירון במטרה להכין כוחות טייס לארץ-ישראל העברית. התחיל את העבודה ב-40 גרוש שקיבל למטרה זו מאת דב הוז, משך כוחות פעילים לעבודה הארגונית, השיגו את עזרת הסוכנות היהודית והסתדרות העובדים הכללית ובמשך הזמן התפתחה החברה והקימה בית-ספר לטיסה ומועדונים לדאיה, שהכשירו עשרות אנשי טיסה. גם הוא עצמו למד והתאמן, עמד במבחן בכמה טיסות מסוכנות, הצטיין וקיבל תעודת-טייס רשמית וגם בבחינת דאיה הגיע לדרגה השניה. הטייסים, שהכשיר מבני הערים והמשקים בארץ, ביצעו פעולות חשובות עוד בתקופת הפעולה המצומצמת תחת הפיקוח העוין של השלטון הבריטי והגבלותיו. הם אספו בטיסות נועזות חומר חשוב ומועיל במדידת הארץ, הביאו עזרה במזון לחולדה ולכפר-מנחם שהיו מנותקות מהישוב בעת שטפון ועזרה רפואית לאפיקים בעת מגפת טיפוס. כמנהל חברת "אוירון" זכה לראות ביסוד קו התעופה לוד-צמח יבהגדלת חבר העובדים המקצועיים ושאף ועמל ליצור