ביותר. זה שימש יסוד לעבודת החיים שלו "אוצר הגאונים", מכיון שתוך עבודתו נוכח לדעת מה רבה העבודה בשטח עצום זה שאיש לא עסק בו כמעט.
בינתיים גמר את האוניברסיטה (תר''ע) וקיבל את התואר ד"ר לפילוסופיה.
בשנת תרע"ב הציעה לו אגודת החרדים בפרנקפורט-דמיין לנסוע לארץ ישראל ולעזור על ידו של ד"ר משה אורבך , מנהל הת"ת "נצח ישראל" בפתח תקוה. הצעה זו הפעימה את לבו שנתגעגע לארץישראל ולרבו-חברו הרב אברהם יצחק הכהן קוק. עלה ארצה והחל לעבוד כמורה ומארגן המוסדות החינוכיים של "מזרחי" אשר הצטרף לשורותיו. בגלל זאת נתעכבה עבודתו במחקר הגאונים. בימי מלחמת העולם הראשונה עזב ד"ר משה אורבך את הארץ והוא מלא את מקומו. הכניס שיטות חדישות יותר בלימודים בבתי תלמוד תורה במושבות. בשנת תרע"ט נוצר ועד המפקח הראשון על בתי הספר הדתיים-לאומיים, והוא נכנס לועד, יחד עם "המזרחי" ניהל מו"מ עם ההנהלה הציונית, על דבר הקמת רשת חינוכית חרדית אבטונומית על אחריותה התקציבית של ההסתדרות הציונית. בינתיים הוברר שד"ר משה אוירבך לא יחזור ארצה, הוא נתמנה למנהל קבוע של בתי הספר במושבות ובעזרת הרב קוק קבל עזרה מלונדון בסך 500 לירות.
כל אותן השנים לא פסק מלחלום על התמסרות מלאה לעבודה המדעית על ספרות הגאונים. לפי שעה הציע לו ידידו ש. ח. קוק להסתייע בעבודה זו במזכיר והוא הציע גם את המועמד: דב נתן ברינקר . מטעם ועד הסיוע האמריקאי הוקצב סכום של שתי לירות תורכיות זהב לחודש כמשכורת המזכיר. עכשו אפשר היה לגשת לעבודה של ממש. עד עתה עוד היה שוקל בנימין מנשה באיזה סדר לערוך את העבודה. בד' תמוז תרע"ז נתוועד עם מזכירו ועם ש. ח. קוק, והוחלט על עריכת ספרות הגאונים לפי סדר התלמוד. כך החל להתגשם חלום חייו: "אוצר הגאונים".
באותו זמן הרגיש במחסור במורים מומחים ודתיים. החליט לייסד בית מדרש למורים. השפיע על הרב משה איסטרובסקי שיעזוב את כסא הרבנות בעקרון ויבוא לפתח תקוה לחנך מורים חרדים. כמורה שני הוזמן תלמידו לשעבר, הרב צבי יהודה קוק . לאחר שבתי הספר החרדים עברו לידי "המזרחי" הועבר גם סמינר זה לירושלים והיוה את הגרעין לבית "המדרש למורים מזרחי" בירושלים.
בפתח-תקוה נפטרה אשתו רחל, ובזיווג שני נשא לאשה את נחמה בת יצחק הורביץ (מורה בזכרון יעקב), שהיתה מורה בבית הספר לבנות "נצח ישראל" בפתח תקוה.
בשנת תר"פ עבר לחיפה וקיבל על עצמו להיות מנהל הת"ת שם. מצא את המוסד מוזנח. נגש לעבודה במרץ. עצם הופעת השלט החדש, "נצח ישראל" הרים את קרנו של המוסד. ובידי מנהלו החדש עלה והתפתח מהר.
העבודה על "אוצר הגאונים" התקדמה באיטיות. בינתיים היה מוציא מזמן לזמן אוספים מדעיים בשם "גנזי קדם", אך סוף סוף נוכח לדעת שאין להמשיך עוד בדרך עבודה מקצועית בהוראה לחוד ועבודת מחקר עצומה כל כך לחוד. החליט להתמסר לחלוטין למחקר. עבר לירושלים והעביר לשם את מערכת "אוצר הגאונים". למען ביסוסו הכספי של המפעל נסע פעמים מספר לאמריקה למצוא נדיבים שיתמכו בו. ביחוד סייעה בידו הנדבנית מרת לינדא ר. מילר . בנסיעותיו אלה באמריקה ובאירופה ביקר בספריות מדעיות והעשיר את מפעלו בכתבי-יד נוספים ובצילומים מכתבי יד שאי אפשר היה להוציא אותם מידי בעליהם.
הקים בירושלים בית דפוס משלו והחל לפרסם את כרכי "אוצר הגאונים" בזה אחר זה. בינתיים השיג את תמיכתה של האוניברסיטה העברית ואח"כ את תמיכתו של מוסד הרב קוק.
בשנת תרצ"ו יסד בירושלים אגודה למדעי היהדות בשם "אלומה" והוציא מאסף ספרותי בשם זה. בשנת תרצ"ז יסד גם ישיבה בשם "אלומה".
בשנת תרצ"ט, לרגל יובל הששים שלו, הוציא הרב י. ל. פישמן (הרב מימון - שר הדתות כיום), קובץ מדעי-תורני "ספר היובל לר' בנימין מנשה לוין".
בימי חייו הספיק לפרסם י"ג כרכים מ"אוצר הגאונים". מפעלו זה של אדם יחיד עורר תמיהה והערצה בכל עולם המדע. אחד המעריצים הגדולים שלו היה ח. נ. ביאליק. הועד להפצת "אוצר הגאונים": הרב קוק (יו"ר), הרב ש. אסף, פרופ' י. נ. אפשטיין, ח. נ. ביאליק, מ. עליאש וש. ח. קוק.
ספריו: "אוצר הגאונים" (י"ג כרכים) ; "תולדות רב שרירא גאון" (יפו, תרע"ז) ; "אגרת רב שרירא גאון" (ירושלים, תרפ"א); "זווג המלים בתנ"ך" (מהדורה ג', חיפה, תרפ"א); "ספר המתיבות" לסדר מועד, נשים ונזיקים (ירושלים, תרצ"ד) ; "גנזי קדם", מאסף מדעי לתקופת הגאונים (ששה ספרים); חלק מ"ספר המעשים לבני ארץ ישראל"; "מסכת פועלים" (לקט מהתלמוד והפוסקים בדיני פועלים). קובץ "אלומה".
ערך: תחכמוני. (ספר ראשון ברן תר"ע, ספר שני, ברלין תרע"א).
מאמריו הראשונים פורסמו ב"המליץ" תרס"א וב"המזרח" של זאב יעבץ. בתש"ד בימי העדרו של הרב פישמן ערך חדשים מספר את "סיני".
נפטר בירושלים, ח' בניסן תש"א (1.4.1944).
צאצאיו: מאשתו הראשונה: שרירא (נקרא ע"ש הגאון. נמצא בלונדון).
מאשתו השניה: יצחק (תלמיד באוניברסיטה), מאירה (מורה בבית הספר לבנות "נצח ישראל" בפתח תקוה).
אחרי פטירתו יצאה חוברת "סיני" מיוחדת לזכרו וגם גליון מיוחד של השבועון "במישור".