לקום בארץ והוא עמל על גידול צמחי מספוא, זו בעיית היסוד בגידול החי. בארץ.
שמו כבר מתנוסס לתפארה בעולם המדע ורק מצד אחיו, ביחוד מבין היושבים במוסדות של "הישוב" אין הוא מוצא משום מה אהדה וסיוע. עינם צרה בנשר הממריא. הוא מוצא לו בעצמו מספר צעירים ומדריכים בעבודה, אך לא צעיר תמים הוא עוד, אשר יתרגש למראה צרות מוחין וצרות לבבות. הוא צועד בדרכו בעוז ובאמונה כשאהבת הארץ ואהבת האמת בלבד מאירים לו.
רק עתה הוא פורש את כנפיו להמראת גאוניותו, והנה יורדת על העולם שואת מלחמת העולם הראשונה, ועמה תוכניות רבות היורדות לטמיון אך עמה גם התגלות כשרונות חדשים של אהרן אשר עד כה לא נודעו ממנו.
עם פרוץ המלחמה נדמה היה שעלה הכורת על הישוב היהודי הצעיר בארץ. מזמן לזמן הגיעה עזרה מאמריקה שעדין נייטרלית היתה. אהרן הוא חבר ועד הנאמנים של קרן הסיוע האמריקאי, הוא גם מנצל את קשריו והשפעתו כדי להקל על גורל המגויסים מיפותל-אביב. על צרות המלחמה נוספה צרת הארבה. ג'מאל פחה הטיל על אהרן לארגן את המלחמה בארבה. אהרן קיבל על עצמו את הדבר. אך כל עזרה לא הוגשה לו מצד השלטונות. באחת הפגישות עם ג'מאל הוא נשאל מה היית עושה אילו צויתי לתלות אותך? אהרן ענה מנטל גופי היה העץ נשבר והקול היה נשמע באמריקה... ג'מאל הבין את הרמז.
הנגישות מצד הטורקים גברו. טבח הארמנים פעל אף הוא את פעולתו המזעזעת. אהרן נגש לניתוח המצב המדיני והצבאי באותה בהירות ובאותה דייקנות שהיה מנתח צמח. ובאחד הימים קרא אליו את אחיו הצעיר אלכסנדר ואת הנאמן שבעוזריו אבשלום פיינברג וגלה באזניהם את סוד ניתוחיו והחלטותיו: אין כל תקוה לישוב ולציונות מצד טורקיה ובעלת בריתה גרמניה. עלינו להחיש את שחרורה של הארץ על ידי האנגלים. אילו ידעו האנגלים את המצב האמיתי של המשטר הטורקי וצבאו מזמן היו מצליחים להבקיע את הדרך לטורקיה לא מצד מיצרי הדרדנלים, כי אם מצד ארץ ישראל. על כן הצעתו של אהרן היא להקים רשת ריגול שתבוא בקשרים עם הכוחות הבריטיים והממשלה הבריטית.
כך נוסדה "נילי" (נצח ישראל לא ישקר).
לשם השגת קשר ראשון נשלחו אלכסנדר ופיינברג למצרים. הם הצליחו להגיע לשם. אך האנגלים התיחסו אליהם בחשדנות. אהרן חכה לשוא לידיעה מהם. בסוף החליט בעצמו לצאת. למנהלת עבודת האירגון בארץ נתמנתה אחותו שרה . אהרן הגיע בקלות לברלין. משם, הודות לקשריו המדעיים, לסקנדינביה הנייטרלית ומשם ללונדון. בכוח אישיותו והגיונו הצליח לשכנע את משרד המלחמה הבריטי בצדקת תוכניתו. הוא קבל המלצות למפקדה הצבאית בקהיר. לאחר היסוסים רבים נתקבלה תוכניתו ואהרן הובל באשון לילה בסירה לחוף עתלית כדי לארגן את שרות הידיעות אולם סערה לא איפשרה את העליה לחוף. בקושי הצליח אהרן להתקשר עם שרה ולמסור לה את כל ההוראות לארגון הפעולה. אהרן נשאר על יד המפקדה הצבאית בקהיר. המצביא העליון אלנבי למד להוקיר את האיש ונתן בו אמון מלא. מעתה לא פסקו מלהועץ בו בכל ענין. נוסף על ניצול הידיעות המדוייקות על כל תנועה טורקית, שהיו מגיעות מהארץ, פרי עבודתה של שרה. פעמים מספר נשלח אהרן לארצות הברית בשליחויות סודיות ביותר. אלנבי הודה כעבור זמן שהפעולה שארגן אהרן חסכה אלפי חיים של חיילים בריטיים וסייעה לא במעט להבקיע את חזית מעצמות המרכז.
אולם לו לאהרן עצמו עלה נצחון זה ביוקר רב.
ההתנגדות אליו מצד המוסדות הציוניים והישוביים לא רק שלא פגה, אלא גם הוגברה. הפחד מפני השלטונות הטורקיים וגם הקנאה הישנה לנוער מרדני זה אשר גדל בגבעות זכרון ולא הלך בתלם, העלו גל של שנאה והסתה נגד "נילי", מה שהקל על הטורקים לחסל את קבוצת הגבורים. באוירה עויינת כזו מסביב לא קשה היה לשלטון לאחר את מרכז פעולת הריגול. עוד לפני שהתחילו המאסרים נפל אבשלום פיינברג בדרכו מצרימה. מכיון שניתק הקשר הימי, ניסה להגיע בדרך המדבר ונפל. שנים מהקבוצה (נעמן בלקינד ויוסף לישנסקי) ניתלו בדמשק. בסופו של דבר נאסרה גם שרה . עונתה קשה ואבדה עצמה לדעת כדי למנוע גילוי סודות. השלטון הטורקי לא הסתפק באלה ושלח גם ידו באוצר המדעי של אהרן. נשדדה ספרייתו. פוזר חלק רב מהמעשב פרי עמל מדעי של שנים. הרבה ממה שניצל ביחוד מכתבי היד, ניצל הודות לזהירותם של שרה והאב הזקן, אשר בהתקרב הסכנה הטמינו הרבה דברים מתחת לאדמה. כעבור שנים הושקעו הרבה כספים ועמל על ידי בני המשפחה וביחוד ע"י אלכסנדר ורבקה הצעירה, לאסוף מכל עבר את הפזורים ולהקים מחדש את המעשב, זה אוצר הצמחיה של הארץ.
טרחה זה נחשכה מאהרן עצמו, כי פעולתו המדינית למען שחרור הארץ והעם עלתה בסופו של דבר גם במחיר חייו.
בהתקרב סיום המלחמה, החל אהרן את פעולתו המדינית בלונדון ובפריס בימי ועידת השלום. לבריטים הוברר מהר, כי אכן לא לשוא התיחסו בחשדנות לאדם הזה שבא והציע את השרות המסוכן מבלי לדרוש תמורתו בזהב כדרכם של כל אנשי המודיעין הערבים למשל. דבר זה לא מצא חן בעיני הבריטים וביחוד בעיני אלה אשר התנגדו לכל תוכניות להחזרת יהודים לארץ ישראל. בלונדון פעלה פעילות רבה התנועה הפרו-ערבית בקרב הצמרת המדינית הבריטית. דמותו של אהרן אהרונסון היתה להם לצנינים. כשרונותיו הדיפלומטיים וההערצה אשר העריצוהו חוגים רציניים בארצות הברית נוסף על מעופו הנועז בתוכניותיו הפוליטיות עוררו אהדה רבה בקרב חוגים בינלאומיים רבים.
אין פלא שסודיות רבה וחשדות רבים עוד יותר אופפים את אותו האוירון הבריטי שטס מלונדון לפריס לועידת השלום בשליחות חשובה, ובו לא היה איש פרט לטייס ולאהרן ואשר נעלם ללא שריד וזכר