במסחר עד גיל 17, אך המשיך ללמוד תורה בהשתלמות עצמית בשעות הפנאי ביום ובהוספת כמה שעות בלילות. מאז התחיל מפרסם מפרי-עטו בשבועונים "מחזיקי הדת" הלבובי ו"המצפה" הקרקובי.
בשנת תרס"ח נשא לאשה את חיה בת ר' מאיר שיין, ואחרי שנפטרה בלבוב בכ"ז סיון תר"ץ נשא בתרצ"ב את אסתר בת ר' מאיר הכהן טויבה .
עסק במסחר בספרי-יהדות עתיקים ונדירים. לסיפוק צרכי ת"ח וחוקרים ובעלי טעם ובחירה בעניני ספרים. המשיך להגות בתורה ובחכמה ולהעלות את הגיונותיו על הכתב, ובתרע"ב נתפרסם לשבח בספרו הראשון, על תולדות המהרש"א ושיטתו ודרכי לימודו, בו נתגלתה יכלתו להקים בנין ביאוגרפי-מונוגרפי שלם מקטעי חומר פזורים בספרים שונים ורחוקים, מקטעים קטנים ומוצנעים, שאף הקורא המשכיל הרגיל אינו מרגיש בחשיבותם המיוחדת. בדרך זו הלך אח"כ בחיבור יתר ספריו המונוגרפיים על גדולי ישראל מארצות ומתקופות שונות.
בתרע''ד הוסמך לרבנות ע"י ר' משה באב"ד רבה של לבוב ור' מאיר ארוך רבה של בוצ'אץ'.
זמן קצר אח"כ, כשפרצה מלחמת העולם א', נמלט עם משפחתו מפני הפלישה הרוסית בזרם הפליטים לוינה. אחרי שנתים נקרא להתיצב לשרות בצבא האוסטרי וחזר ללבוב. שם השתדלה הרבנות לשחררו בתור רב בפועל, ותוך צפיה לסידור הענין הסתתר במעון זר ובחדר מבודד במשך שנתים ועסק בתורה ובחכמה יומם לאור השמש ובלילות היה רובץ על הרצפה ולומד וכותב את חידושיו לאור האש שבתנור ונזהר לא להעלות אור לבל ימשוך אליו את עיני הבולשים אחרי "משתמטים".
סמוך להתפוררות הקיסרות האוסטרית קיבל סוףסוף את שחרורו ויצא לעסוק בגלוי בתורה ובמסחרו בספרים. וכשכבשו הפולנים את העיר מידיה המרוסקות של הקיסרות המנופצת וחגגו את נצחונם בפרעות ביהודים, פרצו גם לביתו והכוהו במגלבים ואת ביתמסחרו בזזו והחריבו.
מששקטה הארץ קומם את הריסות ביתו ועסקו והקדיש מזמנו גם לפעילות לאומית וצבורית כחבר ההנהלה הראשית של הקהק"ל לגליציה המזרחית; חבר פעיל, עסקן ונואם ועושה תעמולה ב"מזרחי" ואח"כ נשיאו לגליציה המזרחית; מיסד ויו"ר אגודת בתיספר דתיים-לאומיים מת''ת (ר"ת: "מציון תצא תורה"); חבר הנהלת קהלת לבוב ופעיל במוסדותיה כיו"ר הועד המנהל של בית היתומים וחבר הועד המנהל של הספריה.
פיתח את מסחרו לדרגת חכמה ואמנות ובכל רבע שנה הוציא קטלוג מסביר ומפרט על הספרים הנמצאים אצלו למכירה, בשם "המודיע" עתון לביבליוגרפיה, בקורת ספרים וידיעות על הספרים שברשותו. בכל חוברת פרסם גם מאמרים תורניים והיסטוריים ובסךהכל הוציא כ-20 חוברות כאלה. כן פרסם מאמרים בהרבה שבועונים וירחונים וקבצים לתורה ולמדע, וחיבר והוציא בממוצע ספר לשנה בענפים שונים של מדעי היהדות והתורה.
בטבת תרצ"ה עלה ארצה ונתקבל בתור מנהל של הספריה התורנית-מדעית ע"ש הרמב"ם. המשיך בעבודתו התורנית, הספרותית והמדעית. אסף קרוב ל-2000 פורטרטים של גדולי ישראל בתורה ובחכמה וכ-20.000 נספחים בקשר לתולדותיהם וערך אותם כאוסף מיוחד לספריה התורנית על שם הרמב"ם, מיסודה של ועד הקהלת ליפו ותל-אביב (וכעת ברשות עירית ת"א), שהוא מנהלה מראשיתה (הספריה מכילה למעלה מ-90 אלף ספרים). בספריה הנהיג קטלוג לפי שיטה מיוחדת שהמציא לחלק את מדעי היהדות לענפים מרובים בהבחנה ענינית דקה ודייקנית. שיטה זו כשלעצמה משמשת מורה-דרך מאיר עינים לסופרים ולחוקרים למציאת מבוקשם בספריה (הנהיג כרטיסיה מקצועית, ע"ש המחבר וא. ב). ונוסף לכך מוכן הוא לעזרת הפונים אליו להדריכם בבקיאותו העצומה היכן למצוא בספרים את כל הנוגע לעניני לימודם ומחקרם (וכן מוכן הוא לעזרת הזולת גם במצוקות החיים הפשוטים שמחוץ לתחום הספרים). לרגל מלאות לו ששים שנה פורסמה בירחון "ההד" (טבת תש"י) רשימה ביבליוגרפית של כל חיבורי הרב ראובן מרגליות שיצאו בדפוס עד אותו פרק זמן. הרשימה כוללת כ-40 ספרים, שנדפסו בגליציה, בפולין ובארץ ונפוצו בסך כולל שלמעלה ממאה אלף טפסים בכל תפוצות ישראל - בתלמוד והלכה, קבלה, חסידות (תולדות ואמרות של צדיקים, פירושים ומחקרים), מונוגרפיות וביבליוגרפיה ודרוש. ביניהם ספרים רביערך שנתקבלו בהוקרה על-ידי גדולי הרבנים והחוקרים בגולה ובארץ.
בין השאר הגדיל לעשות בהוצאת ספר הזהר עם הגהות "ניצוצי זהר", המשלבות את ספר הזהר כחטיבה אורגנית במערכת הספרות התורנית הכוללת (תלמודים, מדרשים, ספרות ההלכה) ומפיצות אור על סתומותיו. (בעד עבודתו זו, שכרכיה הופיעו במשך כמה שנים, קיבל בשנת תש"ה את פרס הרב קוק לספרות תורנית