בעניני הערבים במחלקה המדינית של הסוכנות בהנהלת המזרחן הידוע אליהו ששון (שנתמנה לציר הראשון של מדינת ישראל בטורקיה).
משנכנעה צרפת לגרמנים, ביוני 1940, והגנרל דה-גול הקים את תנועת צרפת החפשית להמשכת המלחמה בצד בעלות הברית נגד האויב הגרמני, ומצד סוריה והלבנון, שחיל-המצב הצרפתי והשלטון הצרפתי בהן צייתו לממשלת-הכניעה שבווישי וצייתו להוראות המשלחת הגרמנית-האיטלקית שבבירות, איימה על ארצנו סכנה מצד הגבול הצפוני ומצד ערבים משתפי פעולה עם האויב בתוך ארצנו. כנגד סכנה זו נוצר שיתוף-פעולה בעניני מודיעין ושרותים חשאיים בין המפקדה הבריטית העליונה, מפקדת צרפת החפשית והסוכנות היהודית, וטוביה נתמנה למקשר תמידי עם הקולונל רפיטון , קצין הקשר של צרפת החפשית שבא ארצה לשם ניהול הפעולות האנטי-גרמניות בלבנט. בתפקידו זה השתתף בארגון רשת של תעמולה, חבלה ואיסוף ידיעות לטובת בעלות הברית בשטחי סוריה והלבנון. משגדל הצורך בפיקוח והדרכה מצד איש נאמן ומוכשר על פעולות הסוכנים והעוזרים מעבר לגבול, נשלח טוביה באוקטובר 1940 בשבילי מבריחים לסוריה וללבנון והתהלך שם בהסוואה בתור ערבי בשמות "תופיק" ו"אבו יעקוב". בדעתו היה להשיג ויזה, שתאפשר לו תנועה חפשית "בעניני מסחר מקומי" מסוריה לארצנו וחזרה, כדי שיוכל לפעול במישרין משני עברי הגבול. משלא עלה הדבר בידו נשאר חדשים אחדים בארצות הנכנעות לאויב. ארגן העברת החמרים והמכשירים להקמת בתי-דפוס חשאיים בדמשק ובבירות להדפסת חומר-תעמולה בעד בעלות הברית, עשה הכנות להקמת תחנת שידור חשאית, ניהל את הפצת הכרוזים ופיקח על המפיצים לבל יעשו מלאכתם במרמה וברשלנות, ואח"כ התקין על גגות בתים בשתי ערי-הבירה מכשירים אוטומטיים להפצצת הרחוב בכרוזים בלי נוכחות אדם ליד המכשירים. בכרוזים ניתנו גם הוראות כיצד להאזין לשידורי צרפת החפשית (תחנת השידור היתה בבית דוד הכהן על הכרמל בחיפה). כן אסף ושלח הרבה ידיעות רבות-ערך על מעשים והכנות מצד שלטונות האויב ועבדיו נגד בעלות הברית ונגד צרפת החפשית, וכן ידיעות על ערבים לבנטיניים וארצישראליים הקשורים עם האויב ומשרתים אותו. אך הסוכנים והעוזרים המקומיים של טוביה בבירות לא היו זריזים וזהירים למדי, ומתוך חוסר רצון להסתכן יתר על המדה מסרו את העבודות המסוכנות ביותר ל"סוכני משנה" ול"מדפיסי משנה", וכך נודע שמץ דבר על הפעולות לבולשת הצרפתית שכשרות האויב.
ב-13.12.40 לפנות בוקר נגש למלון, שאליו היו צריכים להגיע עוזריו המבריחים מהארץ, ונודע לו מפי בעלת המלון, שהאנשים באו ומיד נאסרו. הוא הספיק עוד לבער את החומר שהיה אצלו בחדרו שבמלון אחר ואף להזהיר ידידים ועוזרים נאמנים על הסכנה. משנודע לו שהבולשת עוד לא התענינה בו, חזר לחדרו, ארז את חפציו ועלה למכונית הנוסעת לחיפה. בגלל קלקול צמיג בדרך ושהית הנהג ויתר הנוסעים בצידון למעלה משעה בקנית מצרכים לשם ספסרות בהם בחיפה, הגיעו באיחור לתחנת-הגבול הלבנונית בראש הנקרה וברבע שעה הקדימתם פקודה טלפונית מבירות לעצור איש מתאים לתיאורו של טוביה... בתחנה הוחזק תחת משמר מזוין וביחס אדיב, אך לבירות הובל בכבלים ושם חקרוהו בבולשת יומם ולילה בכל שיטות האינקוויזיציה המודרנית, ומאד מאד השתדלו להוציא מפיו ידיעות על עוזריו הערבים והצרפתים בארץ ובארצות הלבנט ועל זהותם של הצרפתים מנהלי הפעולות נגד צרפת הוישאית. הביאו את עוזריו שנאסרו, נפוחי פנים ממכות, שכבר הודו באשמתם וכעת הצביעו עליו כעל ראשם ומנהיגם. גם אותו הכו וניסו בכל האמצעים לשבור את רוחו, אך את הידיעות הנכספות לא הוציאו מפיו. אחרי כמה שעות של "טיפול" בגופו הפסיק ראש הבולשת הצרפתית את ההכאות, הביע הכרה לעמידתו האיתנה, אך בהתחשב בעדויות שישנן נגדו אין כל תועלת בשתיקתו, ואם לא יודה, יופעל נגדו העינוי הנורא והמתועב ביותר שאפשר לבצע בגבר, ולחיזוק האיום הראה לו ראש הבולשת את המכשיר המוכן על השולחן. אז הסכים טוביה לחתום על הודאה, שניהל את פעולות תנועת דה-גול בסוריה ובלבנון, - אך פרטים לא מסר.
בינתיים נאסרו עוד כמה מאנשיו הנאמנים ועל סמך ההודאות שנסחטו מהם היה יסוד למשפט צבאי באשמת ריגול ולעונש מות לכולם. משום כך החליטו ביניהם, שהוא מוכרח לברוח, אפילו בסיכון חייו, כדי שיוכלו להטיל את כל האשמה עליו ולהשתמט ממסירת ידיעות העלולות לסכן כל אפשרות של המשכת הפעולה בחוץ. ואכן כשבאו לפנות ערב שני בלשים לקחתו לחקירה נוספת, הדף אחד מהם וקפץ מהחלון שבקומה הרביעית בכוונה ליפול על הגג הגבוה של האגף הסמוך. אך לא הצליח בכך ונפל כשגופו זקוף על גג בנין בן קומה אחת ומשם לקרקע. תוצאות הקפיצה היו: ריסוק כמה עצמות ופרקים בכף רגלו, שבר בשתי צלעות, סדק בסנטר ועוד כמה חבלות חיצוניות וזעזועים פנימיים. בביתהחולים הצבאי נזדמן לו רופא צרפתי צעיר מאוהדי תנועת צרפת החפשית, בעזרתו קיבל מהחוץ סיגריות ועתונים וידיעות ממי להזהר ואפשרות לקבל ידיעות משליחי חבריו שבארץ. בעקב הניתוח שנעשה לו, לפי עצת הרופא הזה, למען יוחזק בבית-החולים ולא בכלא הצבאי, התקדמה הבראתו. לפי הידיעות שקיבל מהחוץ אורגנה בריחתו ללילה מסוים, והוא . ועוד חייל אנגלי שבוי, שניהם לבושים בגדי חולים, טיפסו ועברו בסכנתנפשות את הגדר הגבוהה, המוארת בזרקורים, עטורה תייל דוקרני ושמורה על-ידי חיילים סנגליים, ויצאו אל הרחוב. אך הנהג המדובר לא בא, והם הוברחו לטפס ולחזור פנימה. כעבור שעה יצאו שנית, ושוב לשוא. שוטר לבנוני הרגיש בהם ורצה לעצרם, אך טוביה דיבר אליו בתקיפות כאילו הוא צרפתי מאנשי השרות, והשוטר קינח את חטמו מהנזיפה ונתנם לחזור פנימה. אח"כ נתברר, שהיתה איזו טעות בקביעת המקום והזמן, אך העיקר שהבריחה סוכלה.
ב-23.5.41 נלקח מבית-החולים לבית-הדין הצבאי, ועמו הועמדו לדין עוד 14 איש ואשה. במשפט, שארך מ-8 בבוקר עד 10 בלילה, הכחיש את הודאתו וטען שנסחטה