הבילויים ממקוה ישראל בגלל התקנון שלהם, שהכיל עיקרונות של קולקטיביות בעבודה והאדונים הטובים בפריז ראו בכך לא פחות מ"ניהיליזם"...
המנהל הראשי של יק"א, המלומד מאירסון , התנגד להחיאת ה"מפלצת" הזאת, שלפנים הצליחו להמיתה בטרם תוולד, וכמוהו סברו אף יתר עסקני יק"א וכי"ח, ואף בארץ נשמעו דעות של אישים חשובים נגד שיטה זו. אך הודות לשידולי קראוזה סבלו את גישושי הנסיון, וכשנסתיימה השנה הראשונה ברווח כל-שהוא לעומת הגרעון בשנה הקודמת לפי השיטה הישנה, ראו כי "השד נורא כל-כך". מהפועלים שעבדו אז בחוה יצאו חקלאים מנוסים, ששימשו אח"כ חומר אנושי משובח בהתישבות הפרטית והקיבוצית בראשית צעדיה, וגם אנשים שעלו אח"כ לצמרת ההנהלה הציבורית וזוכרים לטובה ולברכה את תקופת התערותם החלוצית בארץ בחות סג'רה (דוד בן גוריון, ש. צמח, ישראל שוחט, גלעדי ועוד). כן הסכים, קראוזה להכניס לעבודה החקלאית של פלחה אף בחורות (צפורה זייד, קיילה גלעדי ועוד), וחידוש מהפכני זה, שנעשה אח"כ רגיל ומקובל, היה אף הוא שלא על דעת האדונים הטובים שבפאריז. היחס בין המנהל ובין הפועלים היה חברי בחוה ואבהי בשדה. בסיירו ברכיבה בשדות היה לא פעם יורד מעל סוסו ומראה לאינטליגנט שהשתדל להיות פלח, כיצד לאחוז במעדר או בקרני המחרשה, כדי שעבודתו תהיה קלה ויעילה יותר.
כשהציעו הפועלים ליטול בידיהם גם את השמירה, הסכים קראוזה לכך ואף עזר להם בהלואה לקנות את הנשק. אף כי היה גם זה צעד מהפכני ואף מסוכן, כי ה"חזקה" על השמירה היתה בידי ערבים וצ'רקסים מהסביבה, כעין תשלום מס-הגנה לאלמנטים העלולים לשלוח יד גניבה ברכוש, שבמקום סחיבה שלא מדעת בעלים יסתפקו בסכום קבוע וימנעו אחרים מגנוב ב"שטח החסות" שלהם, והיה צפוי מראש, שהפסקת התשלום להם תביא בעקבותיה התנפלויות על השומרים ומעשי גניבה ושוד מוגברים, כדי להוכיח שבלעדיהם אי אפשר, ותגובת השומרים העברים בנשק עלולה לפגוע בגופם ובחייהם של המתנפלים ולסבך את הנקודה העברית בסכנות ובעסקי "גאולת הדם" ובמשפטים אצל השלטונות הטורקיים, שלא ראו בעין יפה את ההתנחלות היהודית. כל התלאות הללו היו ידועות מראש, ואף באו על אנשי סג'רה ושאר המקומות, שבהם נטלו היהודים את שמירת חייהם ורכשום בידי עצמם. אך קראזה והפועלים היו בדעה אחת, שהמשכת המסורת של תשלום מס חסות לחברי הגנבים היא אבסורדית כלכך ומנוגדת למגמה הלאומית של ההתישבות, שהכרחי לעקור את המוסרת הזאת אפילו במחיר הסיכונים הגדולים. וכך הונח בסג'רה היסוד להסתדרות "השומר", שעליה אמר בן גוריון לאחר זמן בחגיגה במקוה ישראל כי "השומר" הוליד את ה"הגנה" וה"הגנה" הולידה את צה"ל. במשך הזמן חולקה אדמת סג'רה למתישבים ול"אגודת נטעים" ואז שלחה חברת יק"א את קראוזה לששה חדשים לקפריסין, לחקור את מצב מושבותיה שם, וכשגמר את חקירותיו ציין בדו"ח שלו לחברת יק"א, כי בקפריסין ישנם אותם החסרונות שבהתישבות בארץישראל, אבל בלי היתרונות שבה... (קשיים טבעיים וסביבה לא אוהדת, אבל בלי מקור הכוח הנפשי שברגש הלאומי ובלי הכח הממריץ להחיאת ארץ האבות לבניהם אחריהם). משחזר מקפריסין קיבל מאת מרכז יק"א מינוי לניהול במושבותיה שבבראזיל, וכל כמה שהיה למורת רוחו לעזוב את הארץ, לא יכול להתנגד לפקודת המנהל הכללי מאירסון , והחל עושה הכנות לנסיעה. באותו זמן העבירה חברת כי"ח את מר שמואל לופו (ראה כרך א', עמוד 180) מתפקיד מנהל מקוה ישראל למנהל ביתהספר שלה בירושלים, ובהתיעצויות במרכז החברה בפאריז המליץ הבארון רוטשילד בעד מינוי קראוזה למנהל מקוה ישראל. המלומד נרסיס לוין , שהיה נשיא כי"ח וגם מראשי הנשיאות של יק"א, כתב לקראוזה, שהברירה בידו לבחור בין בראזיל ובין מקוה ישראל, והוא בחר בשמחה רבה במקוה ישראל וב-22.2.1914 נתמנה למנהלה.
קראוזה נכנס לתפקידו החדש במרץ רב והחל מכניס שיפורים במשק ובניהולו וגם ברוח בית-הספר בכיוון לאומי. התאים את תכנית הלימודים לרוח הזמן במתן מקום ראוי לשפה העברית וללימודים העבריים (זה היה בזמן שהישוב התקומם נגד מגמת הגרמניזציה של חברת "עזרה" הברלינית בבתי-הספר שלה והקים רשתחינוך עברית לאומית ו"פיטר" את הנדיבים הגרמניים מהחזקת מוסדות חינוך לילדי הישוב - ואילו במקוה ישראל לא היה צורך במלחמה, כי המנהל קראוזה , נציב הנדיבים ה"צרפתים", החל נותן לעברית את מקומה בלי מלחמות) ובהתאם לכך החליף חלק ניכר בחבר המורים, החליף את פועלי המשק הערביים ואת השומרים הערבים בחברי "השומר", - ובית-הספר החל משתלב במפעל ההכשרה החקלאית להתישבות הציונית. והנה פרצה מלחמת העולם א' (בסוף יולי 1914), ומרכז חברת כי"ח בפריז, שלא יכול להמשיך בשליחת כספים להחזקת בית-הספר בגלל יחסי האיבה בין טורקיה לצרפת, כתב לקראוזה, שיפטר את כל התלמידים שיש להם בתי הורים בארץ-ישראל ובסוריה וישאיר רק בני ארצות אחרות ואת הפועלים הדרושים לקיום המשק, שיספיק לכלכלת הנותרים (לפי תנאי הרשיון - "פירמאן" בטורקית - חייב היה ביה"ס להכיל לפחות 20 תלמיד, ואם לאו, עליו להסגר). גם במסגרת המצומצמת היה קשה להחזיק את ביה"ס והמשק, כי השלטונות וערביי הכפר הסמוך יאזור החלו מציקים לו. ועל הכל הכניס השליט הצבאי, הגנרל אחמד ג'מאל פחה , מפקד המחנה השמיני הטורקי, את קראוזה לרשימת נכבדי הישוב העברי, שהחליט לגרשם לאנאטוליה בתור חשודים ביחס עוין לאימפריה העותומנית, באשר מטעמי בטחון מדיני לא ייתכן להשאיר אנשים כאלה בקרבת חזית המלחמה. בינתים פגעה מכת הארבה בארץ וקראוזה פתח עם חבר המורים והתלמידים והפועלים במלחמה יעילה בארבה, וכשבא הגנרל למקוה ישראל לרגל סיוריו בפעולות