הצעות הח"כ קלינגהופר, קושניר ובגין (לפי דרישת שר-המשפטים דב יוסף) ברוב של 4 קולות בלבד. עם זאת ראתה הממשלה את עצמה נאלצת להתחייב על הכנסת שינוי מסוים בנוסח השרירותי של החוק.
לאחר פסה"ד של ביהמ"ש העליון הלכו וגברו התביעות בציבור ובעתונות לשחררו ממאסרו. במשך חודשים מספר הוגשו לנשיא המדינה חמש עצומות חתומות בידי קבוצות של אנשי-רוח דגולים, מדענים, סופרים, משפטנים, חברי כנסת, ראשי עיריות, אנשי אמנות וכו', אנשי זרמים פוליטיים שונים, יהודים וערבים. אך שר-המשפטים דב יוסף, התנגד בעקשנות לשיחרור. בין ההסברים שפורסמו בעתונות לאיהיענותו של נשיא המדינה לבקשות שהופנו אליו ע"י אישים רבים כל כך, כמעט מכל גווני הקשת הפוליטית של הציבור הישראלי, ההסבר הנחמד ביותר היה, כי "חוות דעתם של שירותי הבטחון, ששיחרורו של אהרון כהן עשר לחזק את הביקורת נגד חוק-בטחון-המדינה"... אם עד אז ישב במאסר בגלל סעיף בחוק שאליבא דשופט ביהמ"ש העליון "אין הדעת סובלתו" - מעתה הוסיף לשבת מאחורי הסורגים כדי למנוע ביקורת ופגיעה בחוק, שהיה קרבנו...
לבסוף, ב-18 ביוני 1963, לפי צו מיוחד של נשיא המדינה החדש מר זלמן שזר, שוחרר מביתהכלא.
מעבר מזה של שער בית-הסוהר דאמון, מסר הודעה לעתונות, ששודרה גם ב"קול ישראל". בו בערב נערכה ב"שער-העמקים" כסיבה חגיגית בהשתתפות נציגי הקיבוץ-הארצי ומפ"ם. מאות חברים וידידים, מחברי התנועה ומחיגים שונים אחרים. יהודים וערבים, ביקרו בימים הסמוכים בשער-העמקים לרגל המאורע.
במשך כל 5 שנות הסיוט של המשפט והמאסר, לא הפסיק את עבודתו כחוקר, כמרצה וכסופר ופובליציסט. הרצאותיו בסמינרים, בימי-עיון למיניהם וכיו"ב ברחבי הארץ נמשכו ממש עד כניסתו לביתהסוהר ומאמריו הוסיפו להופיע כאשר כבר ישב מאחורי הסורגים. בתוך בית-הכלא עצמו הוסיף לעבוד על מחקריו ועל הכנתם-לדפוס של כתביו, שפירסומם נתעכב בשל המאסר. מיד עם צאתו מן הכלא חזר לעבודתו שלפני המאסר, עבודת מחקר, הוראה והסברה בע"פ ובכתב, בתנועתו ומחוצה לה.
ב-18 ביוני 1964 בדיוק ביום בו יצא מן הכלא בשנה שלפני כן - כינס בביתו מסיבת-עתונאים, עם גמר הדפסת ספרו "ישראל והעולם הערבי", גולתהכותרת בעבודתו המחקרית והספרותית, שלפי סברה רווחת היה בין הסיבות העיקריות לאותה פרשה עגומה שנתייסר בה. ספר שחיבר על בתי-הסוהר בישראל, ובו גם חלק המספר כיצד הגיע מחברו לשם, פירסומו נתעכב לע"ע בשל שיקולים ציבוריים-פוליטיים, מהם גם תנועתיים.
מאמרו הראשון נתפרסם ב-1925 בעתון נוער "החבר הצעיר", שהופיע (בשפרירוגראף) בבריטשאני. באותה שנה ובזו שלאחריה נדפסו כתבותיו הראשונות בעתון היומי "אונזער צייט" ובשבוען "ערד און ארבעט", שיצאו לאור בקישינייב. מאז צאתו להכשרה החל מפרסם רשימות בבטאוני הסתדרות "החלוץ" ("עלים" ברומניה, "להבות" ו"העתיד", ורשה). חודשים מספר לאחר הגיעו לארץ. נדפסה רשימתו הראשונה ב"דבר" (בגליון יובל-החמש: 25.6.1930). לאחר פירסום מאמרים אחדים ב"דבר" החל משתתף בקביעות בבטאץ "השומר הצעיר", שהחל יוצא לא,-ר בנובמבר 1931, תחילה בחוברות בודדות, שביולי 1933 נעשו ירחון, בדצמבר 1934 דו-שבועץ, בפברואר 1939 שבועון, אח"כ (30.6.43) לעתון יומי בשם "משמר", ומיאנואר 1948, עם הקמת מפ"ם - "על המשמר".
בפעלו בשליחות התנועה ברומניה (1934-35) ייסד וערד את "על המשמר" ברומנית ותוספתו ביידיש "אויף דער וואדך". ברכזו את פעולת השוה"צ בחיפה הוציא לאור בקביעות את "הרי חיפה" (תחילה בסטנסל, לבסוף בדפוס) ו"איגרות לפעילים", לבעיות הפעולה המקצועית והפוליטית בעיר.
בשנות ה-40 פירסם בקביעות "ביולטין" (תחילה בסטנסל, אח"כ בדפוס) של המחלקה-לפעולה-ערבית של השומר-הצעיר ועלוני מרכז ה"ליגה להתקרבות ושיתוף יהודי-ערבי". מפברואר 1946 ואילך ערך והוציא לאור בקביעות תוספת ערבית ל"משמר", שלאחר גילגולים שונים היתה לימים לשבועונה הערבי של מפ"ם "אל-מרצאד".
מאות מאמרים ורשימות מפרי-עטו, מהם מאמרייסוד מקיפים, נתפרסמו בעתונות ובכתבי-עת, בקונטרסים ובקבצים שונים, בארץ ובחו"ל, בעברית ובלשונות אחרות. (רשימה ביבליוגראפית מצויה בארכיון השוה"צ במרחביה). מלבד אלה שנתפרסמו ללא חתימת שמו, או בשמות בדויים (א. נון, א. סוקר, א. עוקב, אבו-יוסף ועוד) מאות קונטרסים, בולטינים, עלונים, תזכירים וכיו 'ב, שחוברו על-ידו במיסגרת התפקידים בהם כיהן. נושאי כתבתו העיקריים: תנועת הנוער ו"החלוץ" הסתדרות העובדים, מבעיות התנועה הקיבוצית, התנועה הציונית, המארכסיזם ותנועת הפועלים, רפורטאז'ים ממסעות, על אישים וידידים שהלכו לעולמם, ועל כולם בעיות העולם הערבי והיחסים היהודיים-ערביים.
מבין החוברות (מהן גם בנות 100 - 200 ע') יציינו: "אין נייעם געראנגל" (המפעל הציוני בארץ בפרוץ מלחמת-העולם השניה. בוקארסט 1940. יצאה גם ברומנית ובסרבית); "השומר הצעיר" ועמדתו בשאלה ''היהודית-ערבית" (ערבית, מארס 1942): "לבעיות המדיניות הציונית בימינו" (הוצאת הקיבוץ-הארצי יאנואר 1943); "עם אמבולאנסים לטהראן" (רפורטאז', ספרית-פועלים יולי 1943) ; "איגרות לידידים" (ערבית, הוצאת ה"ליגה להתקרבות