המצב לא הורע" עוררו אופוזיציה נגדו, ומתיחות אישית נשתררה בינו לבין מר בן-גוריון. עם כל הכבוד וההערצה אליו חש עצמו הנשיא מבודד במקצת. כמעט ונדמה היה, ששוב יסוג אל מאחורי הקלעים. אך כעבור חודש ימים התנער שוב, ובדו"ח שלו לפני ועידה מיוחדת של 400 שליחים ציוניים וחברי ההנהלה העולמית של הסוכנות היהודית הכריז ד"ר וייצמאן: "בריטניה קיבלה את ארץישראל בלי הספר הלבן, ומחובתה להחזירה לאומות המאוחדות בלעדיו". ובדברי הנביא ירמיהו המשיך : "עבר קציר, כלה קיץ - ואנחנו לא נושענו". חדשיים עברו מאז נכנסה לתפקידה הממשלה הנוכחית (של ה"לייבור") אך הספר הלבן, שמפלגת-העבודה גינתה אותו כהפרת אמון, עודנו בתקפו".
פעמיים נפגש וייצמאן עם באווין, מבלי שהצליח להטות לבו לטובה, ובמר לבו עזב וייצמאן את לונדון והלך לארצות-הברית (נובמבר 1945), כדי להיפגש עם הנשיא טרומאן.
בינתיים גבר גל הטרור בארץ. ממשלת המנדט החליטה על שיגור ועדת חקירה אנגלו-אמריקאית. בירושלים נתכנסו חברי הנהלת הסוכנות לישיבת-חירום. וייצמאן נמנע מבוא, ובחוגים מסויימים נשמעה דרישה להתפטרותו.
חזר ארצה בפברואר 1946, לישיבת הועד-הפועל הציוני המצומצם (28 בפברואר 1946), במטרה מיוחדת להופיע לפני ועדת-החקירה האנגלו-אמריקאית. הוא עשה זאת (ב-8 במארס) בכל כוח-הניתוח הרעיוני ובכל משקל אישיותו. לא היה זה נאום, אלא דברים פשוטים ומזעזעים, היוצאים מעומק לבו הדואב של נציג העם היהודי, ששיכל אך אתמול שליש מבניו, וששרידיו מתדפקים על שערי הארץ היחידה שהיא כל תקוותם. היתה זו גולת הכותרת של עדויות היהודים בפני הועדה.
הועדה החליטה על מדינה יהודית בחלק של ארץישראל. אף א הסתייג מכמה יסודות שבהצעה זו, הסכים לה בכללותה, אך ממשלת-המנדט הכזיבה שוב. היא מאנה לקיים את המלצות הוועדה ותחת זאת פתחה בנגישה זדונית נגד מנהיגי הישוב, שכמה מהם הושמו במעצר (יולי 1946). לאחר ישיבת-החירום של הועדהפועל הציוני המצומצם בירושלים (9 ביולי), בה הביע את שאט-נפשו מהתנהגות זו, יצא ללונדון להמשיך שם במאבקו.
נלחם כל ימיו נגד הנטיות ה"קיצוניות" הריביזיוניסטיות של ז'בוטינסקי. לא ראה את מאבק הדמים כדרך לנצחון השאיפה לעצמאות מדינית, ובכל כוחו לחם בפעולות ארגוני המחתרת של אצ"ל ולח''י.
בדצמבר 1946 נתכנס בבאזל הקונגרס הציוני הכ"ב, שעמד כולו בצל המאורעות בארץ-ישראל, ושלפניו צריך היה וייצמאן להגן על מדיניותו, בהסכימו להזמנת הבריטים לועידה יהודית-ערבית בלונדון. ההתנגדות לו היתה חזקה, הוויכוחים היו סוערים ותקיפים, אך בתשובתו למתוכחים הצליח הנשיא להעלות את הקונגרס שוב לרמה המתאימה. בלב שותת דם הטיף לקבלת "המוצא היחיד - הצעת החלוקה, הואיל ועלינו להופיע לפני המעצמות בהצעות מעשיות". ואף על פי כן נוצח בידי מתנגדיו ופרש מן הנשיאות.
אך באוקטובר 1947 הוטלה עליו שוב השליחות הגורלית, לייצג את עמו בפני הועדה הארצישראלית המיוחדת של עצרת האו"ם, שבעקבותיה באה הכרזת האו"ם על מדינה יהודית בחלק של ארץ ישראל.
והנה הגיע סוף-סוף היום הגדול - ה-14 במאי 1948. בתל-אביב הכריז מר דוד בן-גוריון על קום המדינה העצמאית. אותו מעמד היסטורי לא זכה לנשיאותו של וייצמאן, שחלקו היה כה מכריע בהשגתו, בפעלו נמרצות מאחורי הקלעים להשיג תמיכת ארצותהברית. למחרת ההכרזה, ב-15 במאי, לרגל פתיחת "קול ישראל" הכריז ראש הממשלה הזמנית מר בן-גוריון : "מאלה החיים אתנו אזכיר הערב רק שם אחד, של אדם דגול, אשר בין אם הוא נושא משרה רשמית ובין אם לא, בין שאנו מסכימים לדעותיו ובין שלא - הוא נשאר תמיד בחיר העם, באשר אין איש בחיים אשר תרם כמוהו לכל הכיבושים חישוביים והמדיניים של המפעל הציוני, וזהו ד"ר חיים וייצמאן".
ב-16 במאי נבחר לנשיא מועצת מדינת ישראל הזמנית. הבשורה נשלחה אליו לארצות-הברית, ובמלים נרגשות הודה ממרחקים לעם הבוחר בו: גדול צערי על שברגע זה אינני במדינת ישראל, אך כל הגיגי ורחשי לבי נתונים ליושבי המדינה".
במשך החדשים הבאים נאבק העם במלוא כוחו לשחרור מדינתו מידי הפולשים. מצב בריאותו לא איפשר לנשיא להיות עמו בחדשים הקשים ההם, אך מיד לאחר שהניתוח בעינו, שנעשה בג'נבה באוגוסט 1948, הוכתר בהצלחה, שבה ארצה, והופיע (30.9.48) בפני מועצת המדינה. היה זה מעמד היסטורי, שיישאר חקוק בזכרונם של כל אלה שזכו לראות את הדרת פני הנשיא בהופעתו הפומבית הראשונה במדינה, ולשמוע מפיו ברכת שהחיינו", שנאמרה בקול חנוק מדמעות.
בשנת תש"ט (1949) הופיע ב"הוצאת שוקן", ספרו - "מסה ומעש" - זכרונות חייו של נשיא ישראל. בעברית ובאנגלית (ואח"כ בתרגומים לשפות שונות).
הספר עורר בקורת חריפה מצד אישים שונים שלא נזכרו בספר (האנגלי ג,ימס א. מאלקולם ועוד). ד"ר אוסקר ק. רבינוביץ מלונדון, הוציא לאור בשפה האנגלית ואח"כ בתרגום עברי, "ספר חמישים שנות ציונות" ניתוח היסטורי של "מסה ומעש" מאת ד"ר חיים ווייצמן. בו הוא מנתח את החלקים ההיסטוריים של סיפור חייו המתייחסים לציונות ולעבודתו הציונית, ומסב את תשומת לבו של המחבר לכמה טעויות, אי-דיוקים וסתירות (שבאו באשמת עוזריו).
גם המנוח פרופ' אברהם שלום יהודה הכין לפני מותו (13.8.51) חוברת בארצות הברית, בשם "מעש ומסה" D1. Weizman's Errors on Trial' באנגלית ובעברית בה הוא מבקר קשות את ספרו של ד"ר וייצמן, בקשר עם פגיעתו בו, ע"י העתקות של מכתבי ויצמן ליהודה.