והאמנים היהודים בפריס, ושאף להקים בית מחסה לבעלי מלאכה יהודים.
בהמצאו בחוגים צבוריים יהודיים שמע על מצבה הרע של האוכלוסיה היהודית במזרח אירופה, והוברר לו שאפילו באותן הארצות שליהודים כאילו ישנן זכויות אזרחיות מלאות, גם כן אין מצבם מבוסס והסיק, כי יש צורך ליסד אגודה יהודית עולמית שתגן על היהודים לארצותיהם.
תודות למצבו החברותי האיתן, למצבו החומרי הטוב, להשכלתו הרחבה ולאופיו המושך ומקרב, הצליח לרכז מסביבו חבר אנשים בעלי מרץ ובעלי השפעה, שביניהם נמצא גם המשורר אויגן עמנואל, והתחילו להתאסף בביתו ולטכס עצה מה לעשות. באחת האספות הללו נבחר ועד של ששה חברים (וביניהם גם נטר) והועד הזה עיבד תקנות החברה להגנת זכויות היהודים. במאי 1860 נוסדה החברה באופן רשמי ונקראה בשם "אליאנס" או "כל ישראל חברים" , והוא נבחר למזכירה הכללי. מטרתה של החכי"ח היתה לפעול בכל מקום לשחרור היהודים ולעזור לקידמתם הכללית ולסייע לכל הסובלים בגלל יהדותם.
באחד מראשי החברה נסע מעיר לעיר וממדינה למדינה ועורר את טובי העם היהודי לתת את ידם לחכי"ח, השתדל אצל גדולי המדינות וגם בקונגרסים הדיפלומטיים הבין-לאומיים שהיו אז (בברלין ובמדריד), וכשפרצו הפרעות ברוסיה וברומניה היה ממארגני ההצלה ומתומכי ההגירה לאמריקה, ואץ לכל מקום שצריך היה להושיט עזרה.
אחרי שנוסדה החברה פנה אליה הרב ר' צבי הירש קלישר וביקש מחכי"ח לתמוך ביהודים הרוצים להתישב בא"י, אך בקשתו זו נדחתה. אך כשפנו בהצעה דומה בשנת 1866 יהודי סרביה, מרוקו ופרס, ואפילו יהודי ירושלים הביעו את רצונם לעבוד עבודת אדמה, אם רק תרשה להם הממשלה הטורקית לרכוש קרקעות, ונוסף לבקשות ולהצעות האלו בא גם הרב קלישר בהצעה מחודשת, רק אז התחילו להתענין בבעיה זו, ובנשיאותו של אדולף כרמיה החליט ועד חכי"ח לשים לב להצעות אלו, ובאמצע קיץ תרכ"ח נשלח נטר לא"י לעמוד על המצב.
ששה שבועות שהה בארץ ואח''כ סיכם את המצב בהודעה, כי בא"י גופא ישנם יהודים למאות ולאלפים, הרוצים לעבוד עבודת אדמה, אמנם תלמידי החכמים ימשיכו ללמוד תורה ויהנו כמו קודם מכספי ה"חלוקה", ולאכרים יהיו רק אנשים צעירים ובריאים והציע לעשות כל מה שאפשר בכיוון זה, וקודם כל ליסד בית ספר חקלאי.
ב-11 לינואר 1869 אישר הועד המרכזי של חכי"ח את הצעתו להקים בית ספר חקלאי, שלע"ע ילמדו בו שלשים תלמיד בשלוש כתות את עבודת האדמה.
לשם פתיחת בית הספר הנ"ל הקציבה חכי"ח מאה אלף פרנק בהון יסודי ולכלכלתו בשלש השנים הראשונות. אם כי ידע כי הסכום הזה לא יספיק, בכל זאת לא רצה לחכות לאספה שניה שתגדיל אולי את ההקצבה, ויצא לארץ ישראל.
עוד בשהותו בפריס הגיש תזכיר לממשלת טורקיה ובקש שהממשלה תקצה כברת אדמה לבית ספר זה בקרבת יפו. בהשתדלותו של כרמיה המליצו מיניסטרי החוץ של צרפת ואנגליה על בקשה זו. ובדרכו לא"י התעכב בקושטא ובשמיני לספטמבר 1869 השתתף בישיבת מועצת הממלכה הטורקית, והצעתו זו נתקבלה ונמסרו הוראות למושל סוריה להוציאה לפועל. ואמנם לפי הוראות אלו נמסרו לחכי"ח 2600 דונם לצמיתות תמורת תשלום שנתי פעוט, או אם חכי"ח תרצה תוכל לרכוש את השטח הנ"ל בתשלום של 20 אלף פרנק וג"כ בתשלומים לשעורין במשך כ"ה שנה.
כשבא לארץ בחר את השטח הנ"ל ליד הכפר יעז'ור. תושבי הכפר ניסו להפריע בעבודת הבנין, אך לא הצליחו.
השם "מקוה ישראל" ניתן לפי הצעת החייט גרשון מירושלים שעבד אצלו, לפי הפטרת השבוע שבה נמצא הפסוק : "מקוה ישראל, ה', כל עוזביך יבושו" (ירמיהו י"ז י"ג). לחלקות שונות קרא ג"כ שמות עבריים: "רמות אברהם, יצחק יעקב, רחל וכו'" שמות שנשארו עד היום.
בעבודתו ב"מקוה ישראל" לא ידע לאות. מעלות השחר עד הלילה היה עמל וטורח, עובד ומעודד, מבקר במשרדי הממשלה, קונה את המצרכים וחרד לשלום תלמידיו ופקידיו.
את מאת אלף הפרנקים הוציא חיש מהר ונוכח לדעת כי לא תועיל גם הקצבה נוספת של מאה אלף ודרש סכומים גדולים נוספים. סגן יו"ר החברה מר גולדשמידט המציא לו את הסכומים הדרושים כהלוואות וגם מהונו הפרטי תרם 25 אלף פרנק.
אחרי ארבע שנות עבודה מאומצת אנוס היה לצאת בשנת 1873 לאירופה להבראה, ונשאר שם כארבע שנים.
בשנת 1877 הלך לקושטא בשם חכי"ח להשתדל בעד יהודי המזרח, משם הלך ל"מקוה ישראל" ונשאר שם