וילבושביץ (שאח"כ נישאה לישראל שוחט) את הקולקטיב הראשון של עובדים עברים בא"י, ובן-צבי ויחזקאל חנקין נשארו ביפו ובמושבות יהודה, בקרבת שער העליה, כדי לתהות על קנקנם של החברים העולים החדשים ולמשוך מהם כוחות שנמצאו מתאימים למיסדר ב"ג ולפעולותיו. הבחירה היתה קפדנית ביותר ורק אנשים שעברו שתי שנות נסיון וביצעו פעולות חלוציות כרוכות במסירות ובאומץ נתקבלו לב"ג והוטלו עליהם תנאים חמודים של משמעת, התמסרות ונבונות להקרבה.
בראש וראשונה פנו חברי ב"ג לעבודת השמירה, שבארצות אירופה, שמהן באו החברים, נחשבה כ"סרח עודף" לשרות המשטרה וכהתעסקות בלתי-מכובדת ודלתשכר לבחורים הסולדים מפני עבודה ממשית, אך כאן היה בה יעוד לאומי ממדרגה ראשונה. שרות הבטחון הממשלתי היה לקוי ורקוב, כמו יתר השרותים של המשטר הטורקי הרקוב, וכדי לקיים בטחון כל-שהוא בישוב הכפרי העברי היו המושבות נזקקות לשמירת ערבים, שעל פי רוב היו שומרים אלה קשורים בברית שותפות עם הגנבים בני עמם ושבטם, ונוסף לכך היה בזה משום פחיתות-כבוד לאומית, מצב המאשר את התפיסה הערבית, שהיהודים הם "ולד אל מות" ("ילדי המות"), פחדנים ומוגי לב, שבלי חסדי הכח הערבי אינם יכולים להתקיים, ואשר על כן הפילו את פחדם על היהודים נותני לחמם יותר מאשר על הגנבים והשודדים.
בראשונה סירבו המושבות העבריות למסור את השמירה ל"אינטליגנטים" אלה, שאינם יודעים את תנאי הארץ, אינם מאומנים בנשק ואינם יודעים כיצד לא להשתמש בו (כי פגיעת מות בנגב מסבכת את המושב בעסקי משפטים ו"נקמת דם" וסחיטות לאין סוף מצד פקידי השלטון והשבטים ,או הכפרים של "גואלי הדם''), והעיקר, שלא יוכלו לעמוד בפני השומרים הערבים שקדמו להם, שלא יסבלו את נישולם מהשרות. לכן התאמנו הבחורים בנשק ובשמירה בלילה ובידיעת הסביבה ושפת השכנים ומנהגיהם וכשהרגישו בעצמם את היכולת להתאים לתנאי השמירה קיבלו לנסיון את השמירה על כרם בזכרון יעקב, שבקרבתו שמרו כ-30 ערבים על כרמים אחרים. הערבים ניסו להפחיד ביריות את היהודים המתפרצים למקצועם, וכשהיהודים לא נרתעו, התנפלו בלילה אחד כ-60 ערבים על 4 שומרים ו-4 פועלים יהודים. היהודים עמדו בנסיון והדפו אותם, אך מאחר שאלכסנדר זייד נפצע בתגרה זו "חסו" האברים על דם יהודי שנשפך והפסיקו את השמירה העברית.
בהשתדלות יהושע חנקין קיבל גיסו האגרונום אליהו קראוזה (ביום מנהל מקוה ישראל) שהיה אז מנהל החוד, בסגירה את בחורי ב"ג לשמירת החוה, במקום הצ'רקסים הגבורים מכפר-קמה הסמוך. הצ'רקסים נשבעו שלא ישקטו ולא ינוחו עד שיבערו את ה"מוסקובים" מחזקת השמירה שלהם, ואף ניסו את כוחם בהתקפות ובאיומים על המנהל ואשתו, וכנגדם היו השומרים העברים מאורגנים היטב: לעומת שני חברים שהתחלפו בשמירה עצמה ליד צבי בקר, השומר הרשמי הראשון, היו תמיד יתר 12 החברים במצב הכן תמידי ואפילו לשינה בלילה לא פשטו את בגדיהם, וכך החזיקו מעמד שלשה חדשים, עד שהשמירה העברית בסג'רה הוכרה כעובדה קיימת, שאין טעם להלחם בה.
ב-1908 נוסדה בכפר תבור ביזמת אנשי ב"ג הסתדרות "השומר", שחברי ב"ג היו ראשי הפעילים בה, אך קיבלה לשורותיה גם בחורים שלא מאנשי ב"ג, ובמשך הזמן כבשו את השמירה במושבות שונות, מילאו את תפקידם בהצלחה ובזהירות הדרושה להמנע ככל האפשר מלסבך את המושבות בעסקי "גאולת דם", עמדו בכבוד בתגרות עם שודדים וגנבים, התאימו את תלבשתם לתנאי הארץ, הצטיינו ברכיבה ובקליעה למטרה, ומשרכשו יחסי כבוד מצד השכנים הצליחו ליצור גם יחסי הבנה וידידות הדדיים.
עם גידול העליה בשנות 1909/10, אחרי החלטת הקונגרס הציוני התשיעי לחזק את עבודת ההתישבות בארץ, נוסד ביזמת ב''ג "לגיון העבודה", שקלט בחורים חלוצים לעבודה קבלנית בחקלאות בכל המקומות הדרושים, אף במקומות נידחים ובתנאי שכר מינימליים, ותוך כך התאמנו העולים החדשים בעבודה קיבוצית מאורגנת ובחיים בתנאי הארץ. בהנהלת הלגיון היו י. שוחט, ברל כצנלסון, אליעזר שוחט, ישראל בצר ואחרים. אח"כ יסד ב"ג קבוצת "כיבוש", שמטרתה היתה לכבוש ולשמור על חזקת הבעלות בקרקעות שהיו קנין יהודים ושהערבים היו מחזיקים בהם על-ידי מרעה או חרישה, וכן היו חברי קבוצה זו יוצאים לעבודה ולשמירה בכל מקום של התנחלות חדשה - ולפני מלחמת העולם הראשונה עסקו בפעולות כאלה באוםג'וני (דגניה), מרחביה, כרכור ותל-עדש.
המיסדר ב"ג פורק בועידת שפיה בתרע"א ו"השומר" המשיך את קיומו, מסר את דגלו לגדוד העברי הארצישראלי בעת ההתנדבות בתרע"ח, ורק ב-1920 התפרק ומסר את תפקידו לארגון הגנה שנוצר על ידו ובאישורה של ועידת "אחדות העבודה" בכנרת.
ב-1911 עבר לחיפה ואירגן ואת בניית התכניון. ביתו היה מרכז לטובי כוחות הישוב, וכמה יזמות לגאולת קרקעות ולפעולות ישוביות יצאו משם. תוך פעולת הכיבוש והשמירה נתגלה הצורך להגן על הישוב ועל מעמדו וכוחותיו גם בבתי-המשפט על-ידי עורכי-דין שהם אנשי התנועה. לשם כך נסעו הוא ודוד בן-גוריון ויצחק בן-צבי בסוף 1912 לאיסטמבול ולמדו משפטים באוניברסיטה. במשך שהותו שם בא בקשרים עם אנשי כת "דנמה'' (צאצאיהם של תלמידי שבתאי צבי שהתאשלמו יחד אתו, היו כלפי חוץ טורקים מושלמים ותפסו עמדות חשובות בחיי המדיניות והכלכלה, ובסתר לבם הגו שאיפות מעורפלות של משיחיות יהודית), כדי להטות את המשכילים המיוחסים מבני הכת הזאת לחתור לקבלת משרות ממשלתיות בארץ-ישראל וכך יוכלו לנהל את שרותם מתוך אהדה למפעל ההתישבות היהודית מבלי לעורר את חשדותיהם וקנאותם הלאומנית של הטורקים הצעירים. הוא הצליח לארגן קבוצה קטנה לשם כך, ואחד ממנה, אנוור ביי , מומחה לשפה הטורקית, נשלח בתור מורה לטורקית לגימנסיה הרצליה בתל-אביב, אך