משהחלה ההסתדרות הציונית בעבודה מעשית בארץ עם יסוד המשרד הא"י והקרן הקימת החלה בגאולת קרקעות עבר לשרותם ורכש קרקעות בעמק הירדן, במרכז עמק יזרעאל, ועוד, בשביל הקה"ק ואף בשביל חברות וקונים פרטיים, באמצעות חברת הכשרת הישוב שנוסדה לשם כך כעסק בעל אופי לאומי. אולם הישגיו לא השביעו את רעבונו הגדול לקרקע. הוא ראה אפשרויות רבות לרכישת קרקעות וזכיונות (ים המלח, החולה), פנה במכתבים אל יק"א, אל הרצל (ואף בראיון אישי אצלו בוינה), לאוצר התישבות היהודים, ועוד, וזירזם לנצל כל הזדמנות ואפשרות בטרם יאחרו את המועד, - אך לא תמיד נמצאו ההבנה והאמצעים להגשמת רעיונותיו.
עם יסוד "השומר" בשנת 1907 התקשר אליהם ועזר להם בהשפעתו על גיסו, אליהו קראוזה , מנהל חות סג'רה (כיום מנהל מקוה ישראל) לקבל את השמירה העברית המאורגנת הראשונה בא"י, וביחד אתם תיכן תכניות ליסוד מושבות קואופרטיביות על שטחי האדמה בגולן ובחורן מעבר לירדן.
בשנת תרס"ט עלה בידו אחר סבל רב לקנות 10.000 דונם בעמק יזרעאל באדמת הכפר "פולה" שנוסדה עליה הנקודה הראשונה בעמק - מרחביה.
הוא עמד לימין חברי "השומר" אחרי ההתנפלות על מרחביה ומאסר מגיניה ונהל את המשפט שנמשך כמעט שנה בין ערבי הכפר שונם (סולם) וביניהם עד שהצליח לכרות ברית שלום.
אחרי שחרור גבורי מרחביה רכש את אדמת "תלעדש" הנקודה השניה בעמק.
בשנים האחרונות שלפני מלחמת-העולם הראשונה, כשנראו הניצנים הראשונים של התישבות עירונית ונוסדו שכונות עבריות קטנות ליד חיפה (הרצליה) ויפו (תל-אביב), ראה בחזונו את ההתרחבות העתידה של הישוב העירוני העברי, והודות להזדרזותו בעוד מועד נגאלו בעזרת חברת הכשרת הישוב ואחרים שטחי-קרקע גדולים בסביבה שוממה ומרוחקת אז מהערים ומשכונותיהן העבריות החדשות, והודות לרכישותיו יכלה העיר תל-אביב להתרחב צפונה ומערבה לשטחים שהמיסדים הראשונים לא העיזו אף לחלום עליהם, וכן עזר בדרך זו להתרחבות חיפה העברית כלפי עמק זבולון ואף בכיוונים אחרים.
בתרע"ד שוב נתעורר בו חלום העמק והמריצו לפעולה. אז התקשר לגאולת שטח גדול בעמק יזרעאל, והנה פרצה המלחמה והפסיקה את הפעולה הזאת ואח"כ, ב-1915, את עצם פעולתו בארץ. כשגילה השלטון הצבאי הטורקי בראשית המלחמה את איבתו לציונות ונדר לבערה מעל פני האדמה, פגע בראש וראשונה ביהושע חנקין, כ"אלמנט מסוכן ביותר לשלמותה ולריבונותה של הממלכה העותומנית", והמצביא העליון אחמד ג'מאל פחה הגלה אותו לאנאטוליה, ורעיתו נלוותה אליו מרצונה. כחודש ימים נסעו בלוית משמר צבאי דרך ארמניה המושמדת ובדרכים הרעועות והמלאות ערב-רב צבאי באסיה הקטנה, ובהשתדלותו של מורגנטוי , ציר ארצות הברית באיסטמבול, הומתק חומר-הדין במקצת, ובמקום להגלותם לאיזו עיירה נידחת הורשו לחכות לקץ המלחמה בעיר הבירה העתיקה ברוסה, לא רחוק מאיסטמבול, בפיקוח המשטרה.
כשפורסמה בקיץ 1918 "ההכרזה הציונית" הידועה של ממשלות טורקיה וגרמניה (כמשקל-נגד ל"הצהרתבלפור" הבריטית, לשם רכישת אהדת היהודים בעולם, -וגם חנקין השפיע בכיוון זה בעצותיו למכריו בממשלה המרכזית), הורשו הוא ורעיתו לחזור ארצה כשלשה חדשים לפני סוף המלחמה. נסיעתם הביתה ארכה כמה שבועות וכשהגיעו לחדרה עבר שם אחרי ימים אחדים הצבא הטורקי המוכה והנסוג, ולפניהם נפתחה הדרך לתל-אביב. כאן הלך חנקין להתנדב לגדוד העברי, אך בגלל גילו לא נתקבל, - ובכן חזר למלאכתו הקודמת : לגאול קרקעות לקליטת בנים שבים לגבולם.
התכניות המבוססות לקליטת 200 אלף עולים במהרה בהתישבות חקלאית ועירונית בעזרת בנק קרקעי ובנק להתישבות, שהציע לקבוצת-ברנדייס באמריקה ולחברת הכשרת הישוב לא נתקבלו, בגלל חוסר נכונות לספק במהרה את הסכומים העצומים הדרושים לכך. גם התקשרותו - בפעם השלישית - לגאולת שטח גדול בעמק יזרעאל נחשבה כנועזת ביותר בעיני ראשי ועד הצירים, אך הפעם ניצחו אמונתו ועקשנותו, והקה"ק נתנה את ידה ובספה וגאלה בעזרתו את עמק יזרעאל בשטח של 51.000 דונם : בגוש נהלל 20.000 דונם, בגוש נוריס 27.000 דונם שעליו נוסדו: עין-חרוד, תל-יוסף, גבע, בית-אלפא, חפצי-בה וכפר יחזקאל ו-4000 דונם מאדמת הכפר גינג'ר שעליו נוסד גניגר וזכה עבור קניה זו להקרא בשם "גואל העמק".
בתרפ"ז פרסם תזכיר סודי בנוגע לגאולת הארץ וההתישבות עליה במשך 20 השנים הבאות ותכנית ליסוד אגודה א"י לנטיעות לשם יצירת רכוש לאומי, לפי תכנית לישב מיליון יהודים ורכישת 4 מיליון דונם אדמה במשך 10 שנים, להקים 10 ערים שמספר תושביהן 650.000 איש ו-200 מושבות חדשות שמספר תושביהן 200.000 איש.
מאז המשיך לעבוד בשרות הקה"ק וחברת הכשרת הישוב (שמשנת 1932 היה מנהלה) בגאולת קרקעות ככל האפשרות הכספית והחוקית, בלי הצורך לבזבז זמן ומרץ למלחמה כמעכבים ובמכשולים מבפנים, ובעשרים שנותיו האחרונות זכה לגאול כ-600 אלף דונם אדמה חקלאית בעמק יזרעאל, עמק זבולון, עמק הירדן, עמק בית-שאן, עמק חפר, בשרון, בשפלה ובנגב, וב-20 אלף דונם לישוב עירוני בת''א ובחיפה (ובמקצת אף בירושלים) ובסביבותיהן, ולגמור את רכישת זכיון החולה. יסד בשרון את גן-חיים בשביל חברת בעלי-הון באנגליה ובאמריקה, ביניהם הד"ר חיים וייצמן שעל שמו נקרא המקום - לשם מתן דוגמה לפרדסנות פרטית בעבודה עברית. במושב-משק זה נקראו "שדרות יהושע" ו"רחוב אולגה" על שמו דשם רעיתו. כן יסד את הישובים קדימה , מרץ ויקנעם ועזר ליסוד תל-מונד ויסד בנק חקלאי.