התקרב לתנועה הציונית מראשיתה וקיבל את פני הרצל בעת ביקורו בירושלים בראשית תרנ"ט, מבלי לחשוש לעינם הזועמת של השלטונות ושל היהודים שחרדו מזעמם.
בכ' אלול תרס"ו נבחר לרב ראשי בירושלים ובגלל מריבות ותככים וחתירות שנעשו נגדו ב"שער הגבוה" באיסטמבול התפטר מהמשרה בדרך כבוד, ונבחר אז ה"ר אליהו פניזל.
בסיון תרס"ז נבחר לרב ראשי לעדה הגדולה בסאלוניקי ואחרי שהובטח לו שאין מתנגדים לבחירתו הסכים לקבלה. אך מתנגדיו מירושלים הלשינו עליו שהוא ציוני, נוטה ל"טורקים הצעירים" (שהיו אז נרדפים באכזריות מטעם השולטן עבדול חמיד), אוהד את האירופאים, ועוד, בגלל זה נדחה אישור מינויו על-ידי הממשלה המרכזית ורק בטבת תרס''ח אושר המינוי בהשתדלות ראשי עדות סאלוניקי ואז נסע שמה.
שם פעל רבות לשיפור חיי העדה בחומר וברוח. ביחוד התמסר להעלאת רמת לימוד התורה והחינוך העברי וליסוד גן-ילדים עברי ובהשתדלותו הובאו מורים ומורות מארץ-ישראל. כן פעל להקמת מוסדותחסד לעזרת המוני העם בענפים סוציאליים שונים (פרנסה, ריפוי, הלבשה, יתומים, זקנים וכו'). כשעלו "הטורקים הצעירים" לשלטון הוזמן לכהונת ראש רבני הממלכה באיסטמבול, אך רבני עדת סאלוניקי וחכמיה גזרו ביטול מלאכה ותענית-צבור והמונים הקיפו את ביתו בדרישה שלא יעזבם, הוא נעתר להם ונשאר.
בראשית תרע"א הוזמן לרב ראשי בירושלים וכשהתכונן לנסוע שוב קמה מהומה גדולה בעיר, אורגנו שביתה כללית של הסבלים, פועלי הנמל, החנוונים, והפגנות לפני ביתו, ושלב נעתר לקול ההמונים וחידש את החוזה עם העדה.
בקיץ תרע"א בא לביקור פרטי בארץ ולפי הצעתו נבחר הרב בן ציון חי עוזיאל לרב ראשי ביפו. גם אז ניסו לשדל את הרב יעקב מאיר שישאר בארץ, אך נשאר נאמן להבטחתו לקהלת סאלוניקי. ששלחה אתו איש ללוותו, וחזר שמה.
עם חילופי השלטון בסאלוניקי ממשטר העריצות של עבדול חמיד לשלטון "הטורקים הצעירים". ואח"כ משלטון טורקי ליוני, עברו זעזועים על העזה היהודית והשלטון היוני הביט בעין רעה על חוסר ההתלהבות מצד היהודים לכניסתם העירה. בזמנים קשים אלה השכיל הרב בחכמתו להדריך את העזה בדרך הנכונה ולשפר את היחסים מצד השלטון אליה, וכן בתקופת הזעזועים הנוספים בעת מלחמת-העולם הראשונה. הודות לכבוד הגדול שרחשו לו מלכי יון ומדינאיה וידידותו של וניזלוס, ראש המיניסטרים, עלה בידו למנוע גזירות, וביחוד לשהדר את היהודים מחובת השרות הצבאי לשבע השנים הראשונות לשלטון היוני.
בדליקה הגדולה בתרע"ז, בה נשרפה למעלה ממחצית העיר, אכלה האש את קונטרסיו בפסקים וחידושים על שלחן ערוך אבן העזר וחושן משפט ונשארו רק חידושיו ותשובותיו שנדפסו קודם לכן. בתוך ספרי ה"יש"א ברכה", בספר "פני יצחק" של הרב יצחק אבולעפיה , בירחון "המאסף" של הרב בן-ציון קואינקה ועוד כמה דברים פזורים במאספים תורניים ובספרי רבנים אחרים.
בקיץ תרע"ט החליט להסתלק ממשרתו ולחזור ארצה בגלל אסונות משפחתיים ועייפות רבה, ואז לא יכלו נכבדי הקהלה להתנגד לרצונו. נסע עד אלכסנדריה באניה מיוחדת שמפקד חיל הכיבוש הבריטי העמיד לרשותו. אחרי בואו ירושלימה נתבקש להצטרף למשלחת הישוב אל ועדת החקירה האמריקאית שבאה אל הארץ לשאול לדעת התושבים. בדבר, הסידור המדיני הרצוי להם. חזר זמנית לסאלוניקי לסידור עניני הרבנות, ושוב הוצעה לו הרבנות שם, אך סירב לקבלה. כשחזר ארצה דרך איסטמבול שוב הוצעה לו הרבנות הראשית לטורקיה, והפעם דחה הוא את ההצעה.
כשביקר סיר הרברט סמואל בארץ בשבט תר"פ ביקש מהרב הרצאה מפורטת על מטבעות היהודים בימי קדם בארץ. אחרי פרעות ניסן תר"פ בירושלים נסע יחד עם דוד ילין ואהרן ראובני במשלחת הועד הזמני של הישוב אל מיניסטריון המושבות בי"ג אדר א' תרפ"א, כשנוסדה הרבנות הראשית לארץ-ישראל לפי הצעת הנציב העליון סיר הרברט סמואל, נבחר יחד עם הגרא"י קוק לנשיאי הרבנות הראשית ולרב ראשי וראשון לציון של העדה הספרדית. בשנות כהונתו שקד על תקנת עדת הספרדים ומוסדותיה. חידש את ישיבת "תפארת ירושלים", פעל למען חיזוק מעמדו החמרי של מושב זקנים הספרדי, נתמנה לנשיא ישיבת "פורת יוסף" ושקד על השלמת בניניה, ריכז את הישיבות הפרטיות הקטנות מהכנסות, מהקדשות ועזבונות שונים בישיבה הכללית "אהל יעקב". השתתף כציר בקונגרס הציוני ה-13 ודרש תשומת-לב ועזרה ליהודי עדות המזרח. נבחר לנשיא כבוד של ההתאחדות העולמית של היהודים הספרדים. היה חבר נשיאות אספת הנבחרים הראשונה. היה פעיל בהשגת עזבון בליליוס, שבעזרתו הוקמו מוסדות שונים לטובת העדה.
למלאות לו שמונים שנה באדר תרצ"ו הוצא לכבודו ספר יובל בשם "זכרון מאיר" בעריכת מ. ד. גאון ומ. לאניאדו. נתכבד באותות כבוד שונים מאת השולטנים עבדול חמיד ומוחמד רישאד, קונסטנטין מלך יון, אלכסנדר מלך סרביה, "לגיון הכבוד" הצרפתי, C.B.E. מאת ממשלת אנגליה ושני אותות-כבוד מאת חוסיין . מלך חג'אז.
נפטר בירושלים, י' סיון תרצ"ט. בתו היחידה לונה היתה אשת הרב רפאל יהו שע עזריאל (שגדל בביתם).