נהגותו גילה נטיה לצד הערבים והשתדל להעלים עין ממעשיהם בהפרת ההפוגה, ברציחת אנשיו בעזה ובפיצוץ מכון משאבות המים לירושלים בלאטרון, בטענה שכל זה נעשה על-ידי כוחות ערביים בלתי-סדירים, ששום מדינה ערבית אינה אחראית על מעשיהם. ואף הגיש הצעה שכל העיר ירושלים תימסר לשליט הערבי עבדאללה מעבר-הירדן, משרתם של הבריטים. והנה קמו כוחות "בלתי-סדירים" גם בישראל וביום 17.9.48 הרגו בשטח היהודי של ירושלים את הרוזן ברנאדוט. נפסקה כל מו"מ עם כוחות המחתרת לשעבר, שקראו להם "פורשים". האלמונים, שהמיתו את הרוזן, הודו במעשה זה בכרוז שהדביקו על הקירות בחתימת "חזית המולדת". אך ראשי השלטון החליטו לקבוע, כי המעשה בוצע על-ידי לח"י.
מאות אנשים, מחברי ארגון זה, נתפסו ונאסרו והוחזקו בבתי-כלא באשמת השתייכות או אהדה ללוחמי חרות ישראל. במועצת המדינה הזמנית נתקבלה פה אחד הצעת הממשלה בדבר "פקודה למניעת טרור". נשמעו קולות במועצת המדינה וגם בצבור, שפקודה זו עומדת בניגוד לעיקרוני המשפט ולזכויות-האדם היסודיות שכן נותנת היא לעצמה תוקף לשעבר. והיתה לחוק, שלפיו הותר לשלטון לאסור ולהעמיד לדין אנשים בלתי-רצויים לו, בלי כל סייג משפטי רציני, ולהרשיעם בדין בלי יכולת לערער.
ביחוד חיפשו בנרות אחרי מנהיגי התנועה, שבעקב הפסיכוזה הכללית הוכרחו לשוב למחתרת ולהסתתר, וביום 29.9.48 עלה בידי הבולשת הצבאית הישראלית לאסור בחיפה את פרידמן-ילין ואת חברו מתתיהו שמואלביץ (מראשי הלוחמים לחרות ישראל, שנדון למות על-ידי בית-דין צבאי בריטי ואח"כ הוחלף ענשו למאסר עולם - עד לצאת הבריטים מהארץ).
כמה עשרות ממאות האסירים השתחררו מכלא יפו ביום שבת-שובה תש"ט על-ידי התפרצות בכח. במשך הזמן שוחררו עוד קבוצות ויחידים, חלק מהם שהוכיחו כי מאסרם היה בטעות ומעולם לא השתייכו ללח"י; חלק - תמורת הצהרה בכתב, שאינם רוצים להשתייך עוד למחתרת בלתי חוקית; חלק - בערבות ובחובת מעצר-בית בלילות במשך תקופה מסוימת; חלק - בלי כל נימוק. ובסוף נשארו כ-40 עצורים, שדרשו במשך כל הזמן לשחררם או להעמידם לדין.
רק שני המנהיגים הראשיים הנ"ל - פרידמן-ילין ושמואלביץ - הועמדו לדין בפני בית-דין צבאי מיוחד בעכו ונאשמו בהשתייכות ובהנהגה של ארגון טרוריסטי בלתי-חוקי (לח"י) בניגוד לסעיפים 2 ו-3 של הפקודה למניעת טרור. בירור המשפט ארך 28 ימים לא רצופים והשתרע על פני כמה שבועות, בו הוקראו 87 מסמכים ונשמעו 25 עדים, ביניהם שנים משרי הממשלה הזמנית, קציני צבא גבוהים ובינונים, עסקנים ופעילי לח"י לשעבר. התביעה לא הצליחה להוכיח קשר בין לח"י ובין הריגת הרוזן המתווך והשתדלה לבטל את ערך פעולות לח"י במאמצים לשחרור ירושלים.
במשך המשפט הגיע זמן הבחירות לאספה המכוננת, שקבעה לעצמה אח"כ את הכינוי הרשמי "הכנסת הראשונה". מאחר שתנועת לח"י הוכרזה לבלתיחוקית ,לא יכלה להופיע בשם זה ברשימה לבחירות. אך חיילים שנפצעו במלחמה הגישו רשימה בשם "לוחמים וחיילים" וועדת-הבחירות המרכזית קיבלה אותה ואישרה לה את השם "לוחמים", ובראש הרשימה הועמדו שני הנאשמים ואחריהם עוד מפעילי לח"י: עצורים מסתתרים במחתרת וחפשים. עם אישור הרשימה השיגו פעיליה את הזכות החוקית לעשות לה תעמולה באספות, ברדיו ובכרוזים, ובבחירות שנערכו ביום כ"ד טבת תש"ט (25.1.49) נבחר פרידמן-ילין לכנסת, ולפי החוק היתה הכנסת צריכה להחליט, במקרה שיורשע בדין, אם לדרוש את שחרורו או לא.
בינתים, לפני גמר המשפט, הועברו כ-40 עצורי לח"י האחרונים (מהם שהיו עצורים קודם לכן גם ביפו ובשייך מואניס ואח"כ הובאו אל חבריהם למבצר עכו) מעכו לכלא המבצר החדש ג'למי, למרגלות הכרמל. הם פתחו בשביתת-רעב, שהתמידו בה במשך שבעה ימים, ואליהם הצטרפו נשים ואמהות ואבות של עצורים וישבו וצמו במשרד המשפטים שבקרית הממשלה במשך שלשה ימים.
לפי השמועות שהתהלכו היתה תכנית הממשלה, שמיד לאחר שיבחר נשיא המדינה יתן הוא חנינה לכל עצורי- לח"י ולנשפטים באשמה זו. אולם שביתת הרעב החישה את חיסול הפרשה, וביום י"א בשבט תש"ט (10.2.49), ימים מעטים לפני פתיחת הכנסת בירושלים, שנועדה ליום ט"ו בשבט, אישרה מועצת המדינה הזמנית בישיבתה האחרונה את הצעת הממשלה הזמנית לתת חנינה - לקראת חג פתיחת הפרלמנט הישראלי הנבחר הראשון - לכל העצורים והיושבים במאסר לפי פסק-דין על עבירות ופשעים פוליטיים ופליליים כאחד.
באותו יום ניתן פסק-דין במשפט שני ראשי לח"י. בית-הדין לא מצא שום אפשרות להטיל את האשמה ברצח הרוזן השוודי עליהם או על תנועתם, אך בשני קולות נגד אחד קבע, שתנועת לח"י היא בכל זאת תנועה טרוריסטית פסולה, ומאחר שהוכח כי שני הנאשמים היו והנם ממנהיגיה החליט בית-הדין בשני קולות נגד אחד לדון את נתן פרידמן-ילין לשמונה ואת מתתיהו שמואלביץ לחמש שנות מאסר עם יחס מיוחד, אך נתן להם אפשרות להשתחרר מיד אם ימסרו הצהרה, שהם מסתלקים מתנועה זו ויקבלו עליהם להיות תחת פיקוח המשטרה.
שני הנאשמים סירבו לתת כל הצהרה והבטחה, אך שוחררו בתוקף החנינה הכללית, ופרידמן-ילין יצא מבית-הכלא לתפוס את מקומו בבית-המחוקקים של מדינת ישראל ובראש תנועתו שיצאה מהמחתרת