טאני, לפני שהצבא הצרפתי יספיק לפוצצו. הפעולה הצליחה, אולם האוסטרלים הכזיבו. 12 שעות למעלה ממה שנקבע הוא החזיק בגשר, והאוסטרלים לא הגיעו. בלית ברירה נסוג בדרכים עקלקלות ומסוכנות. אך מכיון שלא נסוגו בזמן, הודיעה המפקדה האוסטרלית על היעדרם לגינוסר.
בתקופה שלאחר כך הוא מארגן ומאמן את היחידות המתרחבות של פלמ"ח. בשנת 1942 תוכנה תכנית ("התכנית הסורית"), לפיה היה עליו לחדור לסוריה עם יחידת פלמ"ח, מחופשים כערבים על מנת לפעול שם במקרה כיבוש נאצי במעשה חבלה וחתירה. אולם בינתיים חל המפנה בחזית. האויב לא הצליח להשתלט על המזרח התיכון.
ב-1945 נתמנה יצחק שדה לראש המטה הכללי של ה"הגנה" ויגאל תופס את מקומו כמפקד הראשי של הפלמ"ח. בתפקיד זה הוא מתכן ומנהל את רוב הפעו לות הכלולות בשם "המאבק" מתקופת "המרי" נגד השלטון הבריטי: פעולות העפלה, שחרור מעפילים. חבלה. ב"שבת השחורה" כאשר נאסרו רוב מנהיגי הישוב, חשבו מבצעי המאסרים להפתיע גם אותו במטה הפלמ"ח. אך הוכזבו. הוא התחמק ונשאר חדשים מספר (עד להפסקת המאבק) במחתרת.
הפסקת המאבק החריפה את היחסים בין מפא"י וסיעה ב' ("התנועה לאחדות העבודה"). הוא חבר התנועה האקטיביסטית ונבחר כציר מטעם "אחדות העבודה" לקונגרס הציוני הכ"ב בבזל, שוויץ (1946).
זה היה בקורו הראשון בחו"ל. אחרי הקונגרס הוא ממשיך בסיור באירופה. מגיע עד פולין ועומד על חורבות גיטו ורשה יוצא ב"רכבת הבריחה" עד צרפת. מבקר בחוות הכשרה ובשדות קרב ממלחמת העולם האחרונה, ונפגש עם מארגני ההעפלה בשליחות הפלמ"ח במקום עבודתם.
בטקס השבעת מפקדי הצבא הישראלי בגן המטה הכללי ביום ההשבעה, כ' סיון תש"ח (27.6.48) היושבים על הארץ (מימין לשמאל): אלוף אליהו בן-חור , אלוף יגאל ידין , רב סרן נחמיה ארגוב, אלוף יחזקאל סחר , סגן אלוף שלום אשת היושבים על הכסאות (מימין לשמאל): אלוף יגאל אלון , אלוף יוחנן רטנר, ישראל גלילי (לשעבר, סגן שר הבטחון), פאולה אשת דוד בן-גוריון (ראש הממשלה ושר הבטחון), לוי אשכול (שקולניק), יוסף יעקבזון, אלוף צבי אילון , אלוף יוסף אבידר. העומדים (מימין לשמאל): סגן אלוף ישראל טמיר (זבלדובסקי), סגן אלוף שמואל ארמון , סגן אלוף מרדכי מקלף, סגן אלוף מישאל שכטר, גרשון ז'ק, סגן אלוף מיכאל בנגל , רב סרן אורי יפה , אלוף יצחק שדה, אלוף משה כרמל , סגן אלוף שמעון אבידן , אלוף משה צדוק , אלוף דן-אבן . אלוף שלמה שמיר , אלוף דוד שאלתיאל.