לאחר שובו ארצה התמסר שוב להרחבת הפלמ"ח באימונו וביחוד בהכנת אנשי פיקוד.
עם קבלת ההחלטה ההיסטורית באו"מ (29.11.1948), בלייק-סאקסס, הוא מנהל את פעולות הפלמ"ח בהתגוננות נגד פעולות הערבים ומשתתף כמפקד בריסוק "חיל השחרור של קאוקג'י", באזור משמר העמק.
עם האסון ב"נבי דניאל", בו היתה יחידה נצורה אשר חשה לעזרת "גוש עציון", הוא נשלח על ידי המטה הראשי באוירון "פרימוס" לשם, כדי לבחון את האפשרות להצלת הגוש. בגלל שיבוש הדרכים (הגשמים קלקלו את שדה התעופה ולא יכל היה להמריא) לא הספיק לחזור בזמן כדי לעמוד בראש פעולת "נחשון", אשר הופקד עליה (ובמקומו נתמנה אז שמעון אבידן). בינתיים הוחמר המצב בגליל. עמדות המפתח בו (נבי-יושע, הר-כנען, חלסה, מלכיה) נמסרו על ידי הבריטים לערבים. ליהודי הגליל שהיוו מיעוט ביחס לערבים, לא היה מלאי מזון מספיק, נשק ולא תחמושת די הצורך להתגוננות. יגאל נשלח לשם באפריל 1948. רק פעולת התקפה יכולה להציל את הגליל המזרחי מכליון. הוא נתמנה למפקד "מבצע יפתח". תפקידו היה להשתלט על עמדות המפתח לפני היום הגורלי (1948. 15.5) יום הפינוי הבריטי והפלישה הערבית, על ידי גיוס מכסימלי של כל הכוחות ושורת פעולות נועזות הצליח המבצע. הגליל המזרחי שוחרר והקרבות אף עברו זו הפעם הראשונה לשטחי האויב בסוריה והלבנון (בפיצוץ גשרים ובפשיטות על בסיסי צבא סורי ולבנוני).
לאחר הצלחה זו הועבר (לאחר נסיונות שנכשלו לכבוש את לטרון, בדרך ירושלים), לחזית המרכז. כאן פעל זמן מה בפיקודו של המפקד מיכאל מרכוס (ראה את הערך שלו בכרך זה), אשר רבות למד ממנו והתקשר עמו בקשר אישי.
ההפוגה הראשונה באה. הג'יפים הראשונים מוצאים את השבילים הפתלתלים והמשופעים כתחליף לכביש לטרון. אחר כך הופכים שבילים אלה ל"כביש הגבורה". באותו זמן נפל באורח טרגי המפקד מרכוס, ויגאל נתמנה למפקד חזית המרכז (פרט לירושלים העיר).
עם תום ההפוגה הוא מבצע את "מבצע דני", שהביאה עמה את שחרור לוד, רמלה, יהודיה, בית נבללה, קולא וגימזו. כיבוש צובה על יד הקסטל וכיבוש צרעה (מולדת שמשון) מרחיבים את המסדרון לירושלים ומכווצים את עמדת האויב בצואר שער הגאי - לטרון. פעם ראשונה בוצעה על ידי הכוחות היהודיים פעולה רבת ממדים בהשתתפות מספר חטיבות יחד ובסיוע מוצלח של חיל שריון, תותחים ומפציצים. צבא ישראל עמד לכבוש את לטרון על ידי ניתוק הכביש לראמללה. אך ההסכמה להפוגה השניה ופקודת מפקחי או"מ שמסרה לרשות הלגיון את קטע הכביש לרמללה שנכבש כבר, שמו לאל את המאמץ האחרון בחזית זו ולטרון נשארה בידי האוייב.
בימי ההפוגה השניה חלו שנויים מכריעים במבנה הצבאי. יגאל נתמנה לאלוף , אך אין זה משמש לו תחליף לעולה שנעשתה לפי דעתו עם פירוק הפלמ"ח שהוא מפקדה. ראה בכך החלשה של הכוח הצבאי החלוצי. באספות עם התקיף את המעשה הזה, ביחד עם חבריו למפלגת מפ"ם (מפלגת פועלים מאוחדת).
באוגוסט 1948 נתמנה למפקד חזית הדרום, שנודעה אח"כ בשם "חזית ד' ".
עם בואו לחזית מצא את הנגב מנותק מהארץ ומבותר בתרים, בתרים. הכוחות המצריים נעו ברחבותיו כאוות נפשם בכבישים ובין הנקודות המנותקות. עמדות האוייב הגיעו עד באר-טוביה. למוד נסיון מהגליל המזרחי, הגיע להכרה שיש לנטוש את דרך ההתגוננות וליטול את יזמת ההתקפה. ביזמתו ועל פי דרישתו אושר על ידי המטה הכללי ועל ידי הממשלה "מבצע עשר המכות". מבצע זה בוצע על ידו. ההתקפה הראשית שחררה את באר-שבע, יד מרדכי, ניצנים, מג'דל, אשדוד, עירק סוידן, בית ג'וברין ודוויימה בהרי חברון. בכיס פלוג'ה נסגרו מיטב כוחותיו של האוייב. כוחותיו הנסוגים נהדפו עד מבוא עזה. בעקבות המבצע הראשי אשר נקרא בפי חיילי הדרום: "מבצע יואב", על שם מפקד "נגבה" (יצחק דובנו) . בוצעה שורת מבצעים משניים בפיקודו של יגאל . הפיצול בא בעקבות התערבות או"מ אשר מנעה את התלכדות המערכות למערכת אחת אדירה שהיתה ממגרת לחלוטין את האוייב המצרי ומשחררת את הנגב כולו.
ואלה המבצעים: "מבצע לוט" אשר ביסס את השלטון העברי בשטחים נרחבים בדרך מבאר שבע עד לחוצוב שבעמק הערבה - בואכה סדומה. "מבצע אסף" (על שם אסף שכנאי, מפקד כתה בפלמ"ח שנפל בקרב זה) שהדף את הצבא המצרי לרצועת החוף רפיה - עזה. בעקבותיו בא "מבצע חורב", נודע גם בשם "מבצע ע'", בו שוחררו הכביש מבאר שבע עד גבול מצרים, נכבשו ביר עסלוג', עוג'ה אל-חפיר. הצבא פרץ את הגבול, כבש את עבו-עג'ילה, צומת דרכים ראשית במדבר סיני והגיע לשערי אל-עריש, בירתה של סיני והבסיס הראשי של הצבא המצרי. בפקודת ממשלת ישראל לפי דרישת ארצות הברית נעצרה האופנסיבה וללא כל לחץ מצרי חזר צבא ישראל משם לאחר שהאוייב ראה את עצמו אבוד. נסיגה זו הצילה את מחציתו של הצבא המצרי והשאירה את אזור החוף בידיו. יגאל רואה את יום הנסיגה הזו כיום השחור ביותר בחייו. נחמת מה רק מצא ב"מבצע עובדה", אשר בו ללא קרבות שוחררו: אילת, מצדה, עין גדי וכל עמק הערבה.
הוא פקד על כל הפעולות האלה אשר בוצעו בכוח מספר חטיבות במשותף ובתיאום עם חיל האויר.
בסוף קיץ 1949 יצא שוב לביקור באירופה. עתוני לונדון הודיעו שנפגש שם פגישה בלתי רשמית עם ראשי הצבא הבריטי.
עוד בילדותו פרסם רשימה בעתון "מכבי" בעריכת