הרבות שהעסיקוני, היתה אחת לא גדולה, אך גם לא קלה: באיזה דגל נקשט את אולם הקונגרס ? מה הם צבעיו ? הן דגל אין לנו.---הנה הבהיק רעיון במוחו: הרי יש לנו דגל לבן-כחול, הטלית, אשר בה נתעטף בתפלתנו, טלית זו היא סמלנו. נוציא נא את הטלית מנרתיקה וגוללה לעיני ישראל וכל העמים. הזמנתי אז דגל כחול-לבן ומגן דוד מצוייר עליו".
הוא מספר גם איך בא לעולם השקל הציוני: "כשדנו המרצים בקונגרס על מס-הכסף, אשר כל ציוני חייב להכניס להסתדרות, לא מצאו שם למס זה. שכינוהו בשם "בייטראג", אחרים בשם "קונטריבוציון" וכולי. למראה הערבוביה הזאת התחלתי לחשוב על השם, שישביע רצון כולם ומצאתי, כי אין שם יותר נאה מן השם "שקל" . רק השמעתי את הצעתי, והנה היה השם הזה לקנינו של כל נואם".
הרצל , במותו ביקש לא להספידו. לפי צוואתו לא נישאו בלווייתו הספדים, ורק ליד הקבר נשבע וולפסון בשם ההסתדרות הציונית לעבוד ביתרשאת להגשמת רעיונה. פעולתו הראשונה לאחר מות המנהיג היתה גיוס "שי לאומי לילדי הרצל". לפי צוואתו, שערך הרצל על שם וולפסון והמסתיימת במלים אלה: "תמיד חשבתיך לנאמן הנאמנים, אשר לי. היה שלום, דאדה, ואל תשכחני" - נטל הוא על עצמו את האפטרופסות על ילדיו היתומים, דאג להם ולאלמנתו כל חייו כאב מסור.
ההנהגה עוברת בהדרגה לידיו. בקונגרס השביעי (1905) נדחתה הצעתם של ציוני גרמניה לבחור בו כנשיא, אך נבחר ליושב-ראש של הועד הפועל הציוני הגדול והמצומצם גם יחד. הוא ניגש מיד לריאורגאניזציה של המנגנון הציוני. העביר מווינה לקלן את המשרד הראשי של התנועה, את בטאונה הגרמני "די וועלט" ואת המשרד הראשי של הקרן הקיימת לישראל, בראשותו של מאכס בודנהיימר. נחום סוקולוב (ראה כרך ששי) נתמנה למזכיר כללי של התנועה, אך היתנה תנאי, שוולפסון יקים שבועון עברי, כדוגמת "די וועלט", בטאון ההסתדרות הציונית העולמית, בשפה הגרמנית. נטה לדרישת סוקולוב, ובראשית שנת 1907 החל להופיע בקלן (נדפס בברלין) "העולם " בעברית, בעריכת סוקולוב, שיצא עשרות שנים, עם הפסקות מסויימות ובמקומות שונים, עד 1951, כשנתיים לאחר מות עורכו האחרון, משה קליינמן (ראה ערך בכרך הראשון).
ביזמתו נערכה בבריסל (ינואר 1906) ועידה עולמית של ארגונים יהודיים מוקדשת לבעיות ההגירה היהודית. באותה שנה חידש את המשאומתן עם בריטניה הגדילה בענין ההתישבות היהודית באל-עריש, שבתכניתה החל עוד הרצל (1902-3), וכמו אז נכשלה גם הפעם.
בנובמבר 1906 יצא עם אשתו לאפריקה הדרומית. ביקורו שם הפך למיפגן-נצחון אישי ולכבוד התנועה הציונית. הופיע בעריה הראשיות של אפריקה ונתקבל בהתלהבות על-ידי הקהל והעתונות, שכינוהו בשם "מלך יהודי בלתי-מוכתר".
בדרכו חזרה מאפריקה התעכב בארץ ישראל. סייר בערים ובמושבות ושתל את העצים הראשונים מכספי "מפעל התרומה לנטיעת עצי-זית" שעל-יד הקרן הקיימת לישראל. את רשמיו מביקורו בארץ פירסם בשני מאמרים ב"די וועלט" (1907, גליונות 12-13).
כאשר הוכיח את הישגיו בשטחים שונים, נבחר בקוגרס השמיני (האג, 1907) לנשיא ההסתדרות הציונית. לא רצה בכהונה רמה זו, ביודעו, כי משולל הוא אותן התכונות, שבהן ניחן הנשיא הראשון, לא סופר ולא נואם, לא תעמולן ולא דיפלומט, אך בעל-כרחו הועלה לנשיאות. הוא הצביע על מכס נורדאו (ראה כרך שביעי), אישהרוח ועתיר כשרונות מופלאים, שיקח את ההגה בידו. הרצל על ערש-דווי ביקש מידידיו האינטימיים למנות את נורדאו כממלא מקומו, ואלה הפצירו בו לציית לרצונו האחרון של המנהיג הציוני, אך סירב, בגלל סיבות אישיות. באין ברירה נכנע וולפסון לדרישת הקונגרס ונבחר לנשיאה השני של ההסתדרות הציונית העולמית.
המשיך בדרכי הרצל ומפעלו המדיני: השגת קצ'ארטר, כלומר - זכויות חוקיות מתורכיה ועזרת המעצמות הגדולות. יצא לקושטא (1907) מתוך תקוה, שיעלה בידיו לבוא במגע עם השולטן. במאמציו לבוא בדברים עם השולטן הבטיח לעצמי את עזרתו של החבר היהודי במועצת-המדינה התורכית, בכור אפנדי אשכנזי (ד'אלמידה) , אך לשווא. עלה רק בידיו להקים שם סניף של "אוצר ההתישבות היהודים", שנרשם כחברה תורכית, בשם "חברה אגגלו-מזרחית לבנקאות", שבראשו הועמד וויקטור (אביגדור) יעקבסון , אשר שימש בתפקיד מוסווה זה כנציגה המדיני של ההסתדרות הציונית בתורכיה.
ב-1 ביולי 1908 יצא בחברת סוקולוב לפטרבורג, לפי הזמנת הממשלה הרוסית. נתקבל לראיון על-ידי ראש-הממשלה, סטוליפין , נפגש עם שרים ואישים רמי-מעלה. כולם גילו לו יחס ידידותי לציונות והבטיחו לו הקלות במערכה הציונית בתחום ארצם. בחוזרו לקלן זכה לקבלת-פנים נלהבת של יהודי רוסיה, ביחוד בווילנה.
בשלהי 1908 יצא להונגריה והשיג את הכרת ממשלתה ברעיון הציוני.
ב-1909, לאחר המהפכה של התורכים הצעירים (יולי 1908), שעוררה תקוות רבות אצל הציונים, יצא בשנית לקושטא, בלוויית סוקולוב , וקיים שיחות עם הווזיר הגדול - ושוב ללא תוצאות. לא התיאש מתמיכת תורכיה, אם ייעשה מאמץ שיטתי בהבהרת הציונות. לשם כך הקים בקושטא רשת של עתונות ציונית מסועפת בכמה שפות, שבראשה עמדו זאב