לטוקיו וגם מילא תפקידים חשובים בהכנת משפט פושעי המלחמה היאפאניים.
בפגישתו עם שרידי היהודים ששוחררו במחנה דאכאו וביתר המחנות בצרפת ובגרמניה, עמד מקרוב על הבעיה היהודית לכל עמקה התהומית ועל ההכרח לפתור אותה פתרון רדיקלי, לבל תשוב האנושות להזדהם בזועה כזו, שיהודים ילקחו כנכסי הפקר לקרבנותיה. משחזר באפריל 1947 לניו-יורק ולעבודתו החל להתענין בארץ-ישראל ובציונות ונתקרב אליה.
בראשית 1948 בא לארץ להזמנת המוסדות העליונים, אחרי שנתרחבו ממדי מלחמת הכנופיות הערביות ולנוכח איומי המדינות הערביות בהתערבות צבאית למניעת הקמת מדינה יהודית והיה צורך בהדרכת מומחים צבאיים להפוך את כוחות המחתרת של ההגנה לצבא סדיר. בהיות עוד שלטון בריטי בארץ היה הכרח להסתיר מהבריטים את שמו ודרגתו, לבל יתעוררו חשדות וסיבוכים, ואז לבש צורה של פועל מתכת והשתמש בתעודת זהות על שם "מיכאל סטון", וכך הזדהה כשנעצר על-ידי אנשי הבולשת הבריטית.
אחרי סקרו את פעולות כוחות ההגנה והפלמ"ח בכל אזורי הקרבות, הגיע למסקנה שהחומר האנושי נפלא באומץ ובגבורה, אך צריך לארגנו לצבא סדיר, מצויד ומנוהל כהלכה, שיהא מוכשר לפעולות ביחידות גדולות יותר. במשך שבועות אחדים הכתיב ונתן בעלפה הוראות יסודיות ומפורטות בדבר ארגונו של הצבא. חזר לאמריקה ובאביב 1948 שוב בא לארץ להשתתף בניהול המלחמה בפועל. (כשעמד לחזור לאמריקה, משום שחופשתו נסתיימה, ומר בן גוריון הביע בפניו את החשש שלא יוכל לבוא עוד פעם לארץ לעזור במלחמה, השיב שיבוא אפילו בשחיה אם לא תהיה לו אפשרות אחרת...). תרם תרומה רבת ערך מידיעותיו ומכשרונותיו הצבאיים בתור יועץ פעיל בפיקוד במערכת ההגנה מפני צבאות הפולשים ובהנחתת מהלומות לחם בהתקפות נגד.
שעות מספר לפני כניסת הפוגה א' לתקפה סייר לפנות בוקר את העמדות הקדמיות של צבא ישראל באזור לטרון ובדרך לירושלים, שיש לו חלק כביר בשחרורה ובהבטחתה, ובדק את המצב ונתן הוראות כיצד למנוע מהאויב הישגי-חטיפה שברגע האחרון. באחת העמדות הקדמיות נורה אליו לפתע צרור יריות משמאל ואחד הכדורים פגע ישר בלבו, וכך נפל סמוך לאור הבוקר של יום ד' סיון תש"ח (48, 6. 11).
בהתאם לצוואתו הוטס לקבורה בגן האקדמיה הצבאית בווסט-פוינט. לפני הטסת הארון נערך טקס לכבודו ביום 48. 6. 25 במחנה המטה הכללי של צבא ההגנה לישראל ואח"כ ליווהו שני קצינים גבוהים בדרכו האחרונה לאמריקה. העיר ניו-יורק הורידה את דגליה לחצי התורן ומשמרות כבוד של שוטרים וכבאים עמדו בצדי הרחובות כשעברה ההלויה, וביום 48. 6. 30 נקבר בכבוד צבאי בווסט-פוינט.
ביום ט"ז אייר תש"ט (11.8.49) פורסמה בנספח מספר 1 הודעה רשמית מפקודות המטה הכללי, מספר 62. לפיה נתמנה הקולונל האמריקאי המנוח אחרי מותו לאלוף בצבא ההגנה לישראל.
על שמו, "מחנה מרכוס", נקרא מחנה-מעבר של אנשי גח"ל ליד מינכן.
ליד כביש הגבורה, בקרבת חולדה, הוקם ישובמשלט הנקרא על שמו "משגב דוד".
ידידיו ומוקיריו בארה"ב יסדו קרן על שמו "קולונל דוד מרכוס פאונדיישון", למתן סטיפנדיות ופרסים לתלמידים באקדמיה הצבאית בווסט-פוינט, שיחולקו בכל שנה ביום הזכרון למותו. בראש הקרן עומד השופט ויליאס פאורס (לא יהודי).
באב תש"ט נחנכה (במעמד אשתו שבאה לביקור מאמריקה לראש הממשלה) השכונה שנקראה על שמו "נוה דוד", היא שכונת הקצינים המשוחררים מהבריגאדה העברית שנבנתה על אדמת "שרונה" במזרחה של ת"א.
במלאת שנה לנפלו נטע הרמטכ"ל יעקב דורי עץ אורן לזכרו, במקום הצופה לעבר הרי יהודה והחולש על הדרך לירושלים, שעליה נתן מרכוס את חייו.
בבית הספר התיכוני "אראסמוס" בניו-יורק נוסדה "קרן הקולונל דוד מרכוס" למתן סטיפנדיות לסטודנטים מאמריקה שילמדו באוניברסיטה העברית בירושלים.
מיסדר "ברית אברהם" והליגה למען מגן-דוד אדום בברוקלין תרמו 50 אלף דולר להקמת מעבדה במדינת ישראל לזכר האלוף דוד מרכוס.
יגאל אלון (פייקוביץ)
נולד בכפר תבור, ד' חשון תרע"ט (10.10.1918), לאביו ראובן פייקוביץ (מראשוני המתנחלים בכפר תבור. ראה את הערך שלו בכרך זה), ולאמו חיה בת אלתר שוורץ (ממיסדי המושבה ראש פנה).
למד בבית הספר בכפר תבור וכדרכם של כל בני הכפר היה עוזר אחרי הלימודים לאביו בעבודה המפר