הספר הזה הוא פירוש ל"חושן משפט " וכולל ביאור כתב על כל דין ודין מני חוק ומשפט בדת תורתנו הקדושה לברר וללבן דברי ראשונים ואחרונים לאמיתה של תורה וגם פסקי דינים להלכה (החלק השלישי של "מאזנים למשפט" (חושן משפט) נשאר בכתב יד.
מצוייד בידיעות רבות בפילוסופיה יצא להשלים בינה ובין האמונה. פרי הגיונותיו אלה, הוא ספרו "אמונה ישרה" (חלק א' הופיע בשנת 1843, וחלק ב' בשנת 1870).
הוא מתווכח עם אפלטון ועם אריסטו , עם קאנט ועם שפינוזה והוא דוחה את דעותיהם. הוא הסתמך לפעמים בדברי ר' משה מנדלסון , שקרא לו "האדם הגדול, נזר החכמים". הוא מסתייע בעיקר בפילוסופים העבריים של ימי הביניים, הרמב"ם והרמב"ן. הקבלה היתה קרובה יותר ללבו מאשר הפילוסופיה, כי הקבלה "לא ילבטון ההולכים באורחותיה".
בספרו "אמונה ישרה" (חלק א' הופיע בשנת 1843 וחלק ב' בשנת 1870) רצה לתת בסגנון קל מחקר, שיכלול "כל ישרת אמונה עפ"י התורה והפילוסופיה". כדי שרבים יוכלו לקרוא אותו, רצה שספרו ישמש "כלי קרב נגד מפירי דת". מלבד הספר הזה, הכולל את השקפותיו על התורה, הפילוסופיה והקבלה, פירסם ההל משנת ת"ר (1840) ועד סוף ימיו מאמרים לרוב על בעיות אלה בקבצים ואחר כך בעתונות העברית.
גם ביאור "איוב ורוב דברי קהלת'', בתוכן הספר "פתח הדעת" (שלושה פרקים); מאמר "סולם הדעת" (חמישה פרקים); מאמר "מעלת היחיד" (ששה פרקים) ; מאמר "חידוש העולם" (ששה פרקים); מאמר "מעלת השגחה" (ששה פרקים); מאמר "מעלת הנפש" (י"ד פרקים). בסוף : "מעלת תם וישר", ביאורי מקרא.
היה הראשון מהרבנים בימים ההם ש"העיז" להכריז ולהתריע כי דווקא "מציון תבוא גאולת ישראל, וכי דרושים צעדים טבעיים כדי לקרב את הגאולה הזאת".
היה גאון תלמודי. מחבר ספרים בפלפול הלכה "מאזנים למשפט". ובמחקר ובפילוסופיה את ספר "הברית" על התורה. בשנת תרל"ג (1873) הופיע בוורשה ביאורו על "חמישה חומשי תורה" שבו תרגום אשכנזי ושני פירושים עבריים: "ספר הברית" (פירוש הענין) ו"ביאור המלות".
היה כותב הערות גאוניות למשנה ולגמרה ולכל ארבעת חלקי "שולחן ערוך''.
יחד עם זה היה שקוע ראשו ורובו בעבודת בנין א"י ותחיית עם ישראל על אדמתו.
שלושה היו נושאי התקופה הראשונה, שהחלה בשנת השלושים למאה שעברה, וכל אלה היו רבנים, גדולי תורה דווקא : הרב צבי הירש קאלישר; הרב אליהו גוטמכר והרב יהודה בן שלמה אקלעי זצ"ל.
נשא לאשה את גיטל. וקבע את מושבו בטהורן. אשתו פתחה בית מסחר קטן, ניהלה אותו בעצמה ושבו כלכלה את בעלה ואחר כך את ילדיהם. ויש ליחס הרבה מגדולתו של הרב קאלישר לאשתו , שהצטיינה כאשת חיל אמיתית וששאפה בכל מאמצי כוחותיה שבעלה הרב יהגה בתורה יומם ולילה. ומכאן הוא גדולתו ומכאן הדרתו.
ואין כל פלא, איפוא, שהצעות-רבנות רבות הובאו לפניו מכל עבר. כל עיר ועיר בגרמניה חמדה אותו לרב עליה. מכתבי בקשה הריצו אליו רבים, אבל הוא לא רצה בשום אופן להיות "משרת הקהל" ולעשות את התורה קרדום לחפור בה. דחה את כל ההצעות שהוגשו לפניו לעיון ואיוה למושב לו את עיר מולדת אשתו, טהורן. אפשר משום שכאן היה בידו להמשיך את השתלמותו העצמית בלי כל מפריע, באשר חריצות אשתו, אשר ניהלה את כלכלת הבית בטוב טעם ודעת, הספיקה לו אפשרות להגות ולחשוב על דבר רעיונות אשר התרוצצו במוחו וטרם יכשלו. כאן יכול היה ליחד לו פינה שאיננה שקטה לשקול וישוב הדעת, למען יהיה מוכן ומזומן ומלומד לקרב לעת מצוא...
הקהלה העברית בטהורן בהכירה בערך האיש הדגול היושב בקרבה מינתה אותו לרב עליה, וכאן, כמובן, לא יכול היה לעמוד בפני הפצרות ידידיו. הוא גם חשב שמשרתו זו, אשר תכון לו בתנאים ידועים, לא תגזול ממנו הרבה זמן. משרת רבנות זו קיבל בעודו צעיר לימים, ושימש בה כחמישים שנה. ולא נהנה מקהלתו אף בשרוך נעל... הרבה הפצירו בו בני עירו שיקוב שכרו, אך הוא באחת: כך הוטל עלי מן השמים, לא להנות מן התורה אף כחוט השערה. ובכלל היו כל עבודותיו הרבות, הן ציבוריות והן ספרותיות, שלא על מנת לקבל פרס.
זמן רב התפרנס בצמצום רב. היה זמן שעסקי המסחר, שטיפלה בהם רעיתו, נדלדלו - והוא נשא בדומיה. בשום אופן לא רצה להנות מן התורה הנאה